Посмотрел код /usr/lib/alterator/backend3/lilo в
alterator-install3-desktop-0.11-alt1:

bootable_flag() {
        local bootdev="$1"

        # Check raid
        [ -z "$raidtypes" ] || set_bootable_raid

        # Don't set bootable flag if some partitions already marked as bootable.
        partitions_list |grep "^$bootdev" |cut -d\  -f1,2 |grep -qs
'[[:space:]]\*$' &&
                return 0

Насколько я понял, последняя проверка должна была отключать установку флага
bootable в случае, если загрузчик устанавливается в MBR, а на диске уже есть
активный раздел (на самом деле в подобной конфигурации активный раздел нужен
только для обхода особо умных BIOS, проверяющих наличие активного раздела перед
попыткой загрузки). Однако в случае, если $bootdev - это раздел, а не диск, эта
проверка ничего не найдёт, и далее в любом случае будет вызвана функция
set_bootable, устанавливающая флаг bootable для раздела, в который
устанавливается загрузчик. Возможно, для случая, когда установка идёт в primary
раздел, такое поведение имеет смысл, но для расширенного раздела так делать в
любом случае нельзя.

Кстати, код в set_bootable() в любом случае работает неправильно для расширенных
разделов (в данном случае попал в sda11 вместо sda12) и, вероятно, будет
работать неправильно для таблицы разделов с "дырами" (например, при наличии sda1
и sda3, но отсутствии sda2).

В Сизифе это пакет alterator-lilo.

Тут бы очень помог лог от сборки.

(In reply to comment #1)
>         # Don't set bootable flag if some partitions already marked as bootable.
>         partitions_list |grep "^$bootdev" |cut -d\  -f1,2 |grep -qs
> '[[:space:]]\*$' &&
>                 return 0
> 
> Насколько я понял, последняя проверка должна была отключать установку флага
> bootable в случае, если загрузчик устанавливается в MBR, а на диске уже есть
> активный раздел (на самом деле в подобной конфигурации активный раздел нужен
> только для обхода особо умных BIOS, проверяющих наличие активного раздела перед
> попыткой загрузки). 

Нет. Это проверка на уже установленый bootable флаг. Если эта проварка не
сработала, то либо partitions_list биный, либо $bootdev не из списка разделов.

> Однако в случае, если $bootdev - это раздел, а не диск, эта
> проверка ничего не найдёт, и далее в любом случае будет вызвана функция
> set_bootable, устанавливающая флаг bootable для раздела, в который
> устанавливается загрузчик. Возможно, для случая, когда установка идёт в primary
> раздел, такое поведение имеет смысл, но для расширенного раздела так делать в
> любом случае нельзя.
> 
> Кстати, код в set_bootable() в любом случае работает неправильно для расширенных
> разделов (в данном случае попал в sda11 вместо sda12) и, вероятно, будет
> работать неправильно для таблицы разделов с "дырами" (например, при наличии sda1
> и sda3, но отсутствии sda2).

set_bootable, как ты видел, тупо отсчитыват раздел для sfdisk. У меня опять же
подозрение на partitions_list.

Версию sfdisk в студию.

В 4.0/branch исправления не будут вноситься уже технически (заглушена очередь на сборку), поэтому прошу ошибки, актуальные для sisyphus/p7/t7, перевесить на текущие ветки или сизиф.