в браузерах(firefox, epiphany) файлы *.jnlp предлагают скачатся, вместо запуска
в javaws.
И в этом я вижу несколько причин.
- не рабочая алтернатива для /usr/bin/javaws (что такое
/usr/lib/jvm/java-1.6.0-sun-1.6.0.03/jre/javaws/javaws-alt ?)
- shared-mime-info знает о *.jnlp( java-sun-desktop установлен), но не знает чем
его запустить.
- (может мой локальный баг) не могу в настройках firefox указать helper запуска
каких-либо файлов 

указание в /etc/mailcap 
application/x-java-jnlp-file; /usr/bin/javaws -viewer %s
тоже результата не принесло.

сейчас выкручиваюсь так: когда выскакивает окно с предлжением скачать, я говорю
запустить через javaws.

доп.информация: 

$ rpm -qa|grep java
java-1.6.0-sun-javaws-1.6.0.03-alt1
fonts-ttf-java-1.6.0-sun-1.6.0.03-alt1
java-common-1.3.6-alt4
java-sun-desktop-1.6.0.03-alt1
java-1.6.0-sun-1.6.0.03-alt1

проверить можно на:
http://java.sun.com/products/javawebstart/demos.html