А нельзя уточнить что за Junior ?
Попробовал несколько версий,нигде такого не обнаружил.

Такая ситуация возникает в случае, если загрузчик Linux устанавливается не в 
MBR, а в отдельный раздел. Так как некоторые BIOS требуют флаг загрузки на 
этот раздел и не позволяют иметь несколько флагов загрузки, этот флаг загрузки 
снимается с раздела Windows и ставится на загружаемый раздел Linux.

То есть налицо ситуация, когда ставится не первый раз (тогда Windows 
помещается в загрузчик).

Исправить можно несколькими путями:
1. Запустить в консоли fdisk /dev/hda (или какой у вас диск, Подразумевается, 
что Windows находится на первом разделе)
Command (m for help): a
Partition number (1-9): 1

Command (m for help): w
The partition table has been altered!

Calling ioctl() to re-read partition table.

После этого Windows появится в настройке загрузчика.

2. Нажать на этапе установки кнопку "Экспертные настройки", перейти на 
вкладку "Другие загрузчики", нажать кнопку "Добавить" и указать параметры:

Название: Windows
Other: /dev/hda1
После этого нажмите кнопку "Принять".

Ещё раз повторю: ситуация редко воспроизводится только при очень частой 
установки загрузчика Linux в отдельный раздел, а не в MBR.