*** Bug 15528 has been marked as a duplicate of this bug. ***

Можно попробовать загрузку с параметрами reboot=b (не поддерживается на x86_64), reboot=t, reboot=a; возможно, с одним из этих вариантов перезагрузка заработает.

Пробовали вместе с silicium@ - не помогло (ядро было std-def-2.6.25-alt7).
С последним ядром alt8 также не работает.

alt9 на дворе (и alt8.M41.1)

Не суть важно. Хоть версия уже и новая, а старые проблемы она не решает.
Так-то найдено решение для Ubuntu 8.04. Там нужно, чтобы в грубе строчка была такая:
kernel /boot/vmlinuz-2.6.xx-xx-generic root=UUID=xxxxxxx-xxxxx-xxxx-xxxx-xxxxxx ro quiet splash all_generic_ide
Для лило и альта addappend=all_generic_ide/append=all_generic_ide не работает.
Вызывать lilo после изменения конфига не забывал.

Пожалуйста, приложите вывод команд dmesg, lsmod, lspci -vv (от root, иначе вывод будет неполным).

Параметр all_generic_ide в командной строке ядра в данном случае указывать бесполезно, поскольку драйвер ide-pci-generic вынесен в модуль.  Вместо этого нужно добавить этот параметр в /etc/modprobe.d/local:

  options ide-pci-generic all_generic_ide=1

Затем, чтобы это изменение подействовало при загрузке, необходимо перегенерировать initrd, причём с изменением порядка загрузки модулей:

  version=`uname -r`
  mkinitrd -fv --preload ide-pci-generic /boot/initrd-$version.img $version
  lilo   # если используется этот загрузчик

Однако такое изменение может привести к нежелательным последствиям, поскольку при использовании драйвера ide-pci-generic контроллер будет работать в режиме IDE без полного использования возможностей чипсета (кроме всего прочего, могут возникнуть сложности с suspend/resume). Также нужно подготовиться к возможной незагружаемости системы с таким initrd (например, можно создать отдельную запись в lilo.conf и сохранить образ initrd под другим именем, не меняя основной).

Если использование драйвера ide-pci-generic позволит обойти проблему, также приложите вывод dmesg при загрузке с этим драйвером.

Created attachment 2934 [details]
Выводы до изменений и после

После указанных вами изменений перезагрузка работает, только во время загрузки linux долго подбирает драйвера... После последнего
No response hdh... Появляется следующее:
SCSI Subsystem initialized
Driver 'sd' needs updating - please use bus_type methods
No dock found...

Оказывается, там есть ещё и PATA... Тогда нужно ещё загружать модуль amd74xx перед ide-pci-generic:

  version=`uname -r`
  mkinitrd -fv --preload amd74xx --preload ide-pci-generic \
        /boot/initrd-$version.img $version
  lilo   # если используется этот загрузчик

Правда, это не поможет справиться с медленной загрузкой из-за попыток инициализации неиспользуемых портов.

Вообще, если это изменение помогает, значит, проблемы где-то в BIOS - вероятно, там не обрабатывается нормально перевод контроллера в режим AHCI.  Хотя и реализация AHCI в этом чипсете какая-то странная - без поддержки NCQ (по крайней мере, соответствующий флаг не установлен, и драйвер ahci не включает NCQ).

В общем, в новых версиях ядра эта ошибка исправлена, нужно добавить параметр: reboot=p

Притом это средство работает эдак с ядра 2.6.29