"патч якобы исправляющий эту проблему" там уже есть, и у меня на i965 мерцания прекратились

А чего это она закрыта?
У меня на Intel 945GME раз в минуту мигает сопровождаясь соощениями в логе:
(EE) intel(0): underrun on pipe B!

ни на одном из i915/i945/i965 не воспроизводится

Версия драйвера какая?
Версия DRM?

У меня:
xorg-drv-intel-2.4.2-alt5.M41.1
xorg-dri-intel-7.0.4-alt8.M41.2
kernel-modules-drm-std-def-2008.06.16

И вот сегодня после запуска synaptic для обновления и начала обновления попёрло: (EE) intel(0): underrun on pipe B!
И иксы погасли вообще.

Так что открываем.

Заметил тут такой перекос при запуске на разных ядрах.
При запуске с 2.6.23.9lw имеем в Xorg.0.log:
(II) intel(0): Output configuration:
(II) intel(0):   Pipe A is off
(II) intel(0):   Display plane A is now disabled and connected to pipe A.
(II) intel(0):   Pipe B is on
(II) intel(0):   Display plane B is now enabled and connected to pipe B.
(II) intel(0):   Output VGA is connected to pipe none
(II) intel(0):   Output LVDS is connected to pipe B

В случае-же с 2.6.25-alt8:
(II) intel(0): Output configuration:
(II) intel(0):   Pipe A is off
(II) intel(0):   Display plane B is now disabled and connected to pipe A.
(II) intel(0):   Pipe B is on
(II) intel(0):   Display plane A is now enabled and connected to pipe B.
(II) intel(0):   Output VGA is connected to pipe none
(II) intel(0):   Output LVDS is connected to pipe B

Всё остольное идентично. Перекос по планам и каналам в случае с проблемным ядром получается.
Может это и является проблемой?

Напомню. с родным 2.6.23.9lw этой проблемы нет. А с 2.6.25-alt8 есть на идентичной конфигурации.

не знаю что такое 2.6.23.9lw, но если это зависит от ядра, то и перевешивайте на ядро

Подтверждаю.

xorg-dri-intel-7.0.4-alt8.M41.2
xorg-drv-intel-2.4.2-alt5.M41.1
xorg-server-1.4.2-alt8.M41.1
kernel-modules-drm-std-def-2008.04.28-alt1.132633.8.M41.1
kernel-image-std-def-2.6.25-alt8.M41.1

# lspci
00:00.0 Host bridge: Intel Corporation Mobile 945GM/PM/GMS, 943/940GML and 945GT Express Memory Controller Hub (rev 03)
00:02.0 VGA compatible controller: Intel Corporation Mobile 945GM/GMS, 943/940GML Express Integrated Graphics Controller (rev 03)
00:02.1 Display controller: Intel Corporation Mobile 945GM/GMS/GME, 943/940GML Express Integrated Graphics Controller (rev 03)

Xorg.0.log:
(EE) intel(0): underrun on pipe B!

Похоже действительно какие-то проблемы в связке ядро 2.6.25 и драйвер intel. Натолкнулся на подобную проблему в LKML:
http://planet.gentoo.org/developers/remi/2008/08/18/intel_driver_update

ядерный drm у нас кривой. правильный drm в ядре 2.6.26
ftp://ftp.altlinux.ru/pub/people/shrek/kernel

2.6.26 попробую.
Обнаружилось ещё одно обстоятельство. Глючит при глубине цвета 24. При глубине цвета 16 работает нормально.

Да, действительно, на 2.6.26 с глубиной цвета 24 работает нормально.

Бага на 2.6.27 сохраняется?

Не заметил что на 4.1 а не на сизиф.

Уже исправлено и на 2.6.25 в Branch4.1.
Закрываем.