А сам apt-get update в консоли работает?

Да.
[root@alt ~]# apt-get update
Получено: 1 http://ftp.altlinux.org i586 release [1021B]
Получено: 2 http://ftp.altlinux.org i586 release [717B]
Получено: 3 http://ftp.altlinux.org i586 release [734B]
Получено: 4 http://ftp.altlinux.org noarch release [732B]
Получено 3204B за 5s (570B/s).
Найдено http://ftp.altlinux.org i586/main pkglist
Найдено http://ftp.altlinux.org i586/main release     
Найдено http://ftp.altlinux.org i586/classic pkglist  
Найдено http://ftp.altlinux.org i586/classic release  
Найдено http://ftp.altlinux.org i586/updates pkglist  
Найдено http://ftp.altlinux.org i586/updates release  
Найдено http://ftp.altlinux.org i586/classic pkglist                           
Найдено http://ftp.altlinux.org i586/classic release                           
Найдено http://ftp.altlinux.org noarch/classic pkglist                         
Найдено http://ftp.altlinux.org noarch/classic release                         
Чтение списков пакетов... Завершено                                            
Построение дерева зависимостей... Завершено
[root@alt ~]# 

А если в "Центре управления системой" выбираю "Обновления" -> "Проверить наличие обновлений",
то получаю
Критическая ошибка:
Failed to fetch http://ftp.altlinux.org/pub/distributions/ALTLinux/4.1/Desktop/current/i586/base/release  Could not resolve 'ftp.altlinux.org'
Failed to fetch http://ftp.altlinux.org/pub/distributions/ALTLinux/updates/4.1/i586/base/release  Could not resolve 'ftp.altlinux.org'
Failed to fetch http://ftp.altlinux.org/pub/distributions/ALTLinux/4.1/branch/i586/base/release  Could not resolve 'ftp.altlinux.org'
Failed to fetch http://ftp.altlinux.org/pub/distributions/ALTLinux/4.1/branch/noarch/base/release  Could not resolve 'ftp.altlinux.org'
Failed to fetch http://ftp.altlinux.org/pub/distributions/ALTLinux/4.1/Desktop/current/i586/base/pkglist.main  Could not resolve 'ftp.altlinux.org'
Failed to fetch http://ftp.altlinux.org/pub/distributions/ALTLinux/4.1/Desktop/current/i586/base/release.main  Could not resolve 'ftp.altlinux.org'
Failed to fetch http://ftp.altlinux.org/pub/distributions/ALTLinux/4.1/Desktop/current/i586/base/pkglist.classic  Could not resolve 'ftp.altlinux.org'
Failed to fetch http://ftp.altlinux.org/pub/distributions/ALTLinux/4.1/Desktop/current/i586/base/release.classic  Could not resolve 'ftp.altlinux.org'
Failed to fetch http://ftp.altlinux.org/pub/distributions/ALTLinux/updates/4.1/i586/base/pkglist.updates  Could not resolve 'ftp.altlinux.org'
Failed to fetch http://ftp.altlinux.org/pub/distributions/ALTLinux/updates/4.1/i586/base/release.updates  Could not resolve 'ftp.altlinux.org'
Failed to fetch http://ftp.altlinux.org/pub/distributions/ALTLinux/4.1/branch/i586/base/pkglist.classic  Could not resolve 'ftp.altlinux.org'
Failed to fetch http://ftp.altlinux.org/pub/distributions/ALTLinux/4.1/branch/i586/base/release.classic  Could not resolve 'ftp.altlinux.org'
Failed to fetch http://ftp.altlinux.org/pub/distributions/ALTLinux/4.1/branch/noarch/base/pkglist.classic  Could not resolve 'ftp.altlinux.org'
Failed to fetch http://ftp.altlinux.org/pub/distributions/ALTLinux/4.1/branch/noarch/base/release.classic  Could not resolve 'ftp.altlinux.org'
W: Release files for some repositories could not be retrieved or authenticated. Such repositories are being ignored.
W: You may want to run apt-get update to correct these problems
E: Some index files failed to download, they have been ignored, or old ones used instead.

Лезет напрямую, не обращая внимания на proxy.

В branch4.1 и в Sisyphus отправлен consolehelper, который передаёт переменные связанные с настройками proxy.

Спасибо, в alterator обновления заработали.
Но теперь synaptic при нажатии "Отметить для обновления" вылетает.
В логах при этом:
Nov 14 11:18:27 althost kernel: synaptic[8957]: segfault at 10f350c8 ip b74db801 sp bfa1955c e
rror 4 in libc-2.5.1.so[b7472000+123000]
Уж не знаю, с чем это связано.

В догонку:
начинается падение synaptic сразу после первого обновления через alterator.
Проверено на двух машинах.
Из консоли apt-get-ом все номрально.

(In reply to comment #5)
> В догонку:
> начинается падение synaptic сразу после первого обновления через alterator.
> Проверено на двух машинах.
> Из консоли apt-get-ом все номрально.
Значит надо вешать багу на synaptic ;)
> 

Именно так сразу и сделал :)
https://bugzilla.altlinux.org/show_bug.cgi?id=17889

Хотя, думаю, что это все-таки по теме alterator-а, так как после его единственного обновления synaptic перестал работать, а до этого нормально работал.
Значит, похоже, это alterator что-то поломал.

(In reply to comment #8)
> Хотя, думаю, что это все-таки по теме alterator-а, так как после его единственного
> обновления synaptic перестал работать, а до этого нормально работал.
> Значит, похоже, это alterator что-то поломал.
Это примерно как винить солнце в плохой погоде ;)

alterator не может ничего поломать ибо обновление делает не он а apt-get ;)

Ну Вам виднее. Я внутренностей и логики работы alterator-а не знаю и судил по тому, что до обновления (и вообще всегда) synaptic работал, а после обновления через alterator начал падать. То есть причиной послужило обновление через alterator.
Тогда напрашивается следующий вывод/версия :), что alterator что-то изменил в cистеме так, что synaptic этого не может переварить, хотя с точки зрения самого alterator-а и apt-get-а это нормально. На эту мысль наводит и то, что alterator располагает списки репозиториев не так, как они были в synaptic-е.
Вы говорите, что все делает apt-get, но я много раз чередовал обновления через synaptic и apt-get из консоли, и все было нормально. Пока не воспользовался alterator-ом.
Факты - упрямая вещь.