Файл /usr/lib/jvm/java-1.6.0-sun-1.6.0.10/jre/lib/security/cacerts не приведён в соответствие /usr/share/ca-certificates/ca-bundle.crt . В частности, в нём отсутствует открытая часть подписывающего сертификата ALT Linux. В результате JAVA-based приложения выдают ошибку "сертификат подписан хрен знает кем" при подключении по SSL к ресурсам ALT Linux.

Ошибка, скорее всего, проявляется во всех версиях Java.

Например, нельзя зайти на https:// с помощью OpenOffice.org+Sun Wiki Publisher. Есть, наверное, и более неприятные примеры.

Вот тут я нашёл программку, которая добавляет в некий файл сертификат сайта (но не корневой). Пользуюсь этим как временной затычкой.

http://humanedj.com/faq#Collection_of_email_from_a_server_fails_with_error_message_java.util.concurrent.ExecutionException:_com.rolemodellers.util.messaging.ConnectionException:_sun.security.validator.ValidatorException:_PKIX_path_building_failed:_sun.security.provider.certpath.SunCertPathBuilderException:_unable_to_find_valid_certification_path_to_requested_target