Тестовая программа:

program test
integer(4) m(20),i
character(12) a,b
open(2,access='direct',recl=100,file='test.bin')
write(2,rec=1)(m(i),i=1,20),a,b
close(2)
end

Если эту программу собрать gfortran4.3 с ключом -malign-double (gfortran -o test -malign-double test.for) и запустить, то файл test.bin создаётся размером 400Гбайт (4Гбайт*100). Если без этого ключа, то размером 100байт. В результате файлы прямого доступа разрастаются просто до неприличных размеров.
(Мой набор параметров: -O2 -pedantic -Wunderflow -Wall -fno-automatic -lpthread -funroll-all-loops -lncurses -ffast-math -march=prescott -malign-double, но убирая только последний параметр, я получаю нормальный файл.)