Интересно откуда он там появляется вообще? Мало того, что desktop файл почему-то лежит в /etc/X11/sysconfig, так ведь в этом файле ещё прописано NotShowIn=KDE

P.S. Специально загрузился в KDE и что-то не нашел его там в меню. Может скриншотик приаттачите?

(В ответ на комментарий №1)
> Интересно откуда он там появляется вообще?
Из 
$ rpm -qf /usr/share/applications/synaptic.desktop
synaptic-usermode-1.3-alt1

> Мало того, что desktop файл
> почему-то лежит в /etc/X11/sysconfig, так ведь в этом файле ещё прописано
> NotShowIn=KDE
Ну так он и не используется.

(В ответ на комментарий №3)
> (В ответ на комментарий №1)
> > Интересно откуда он там появляется вообще?
> Из 
> $ rpm -qf /usr/share/applications/synaptic.desktop
> synaptic-usermode-1.3-alt1

Баг, похоже, в этом пакете и есть?

Created attachment 3255 [details]
Synaptic  в "настройках"

Created attachment 3256 [details]
Synaptic  в "системе"

(В ответ на комментарий №4)
> Баг, похоже, в этом пакете и есть?

$ desktop-file-validate /usr/share/applications/synaptic.desktop
$

Баг скорее в KDE.

Наверно, вот поэтому:
$ grep Categories /usr/share/applications/synaptic.desktop /etc/X11/sysconfig/synaptic.desktop
/usr/share/applications/synaptic.desktop:Categories=PackageManager;GTK;System;Settings;
/etc/X11/sysconfig/synaptic.desktop:Categories=PackageManager;GTK;System;Application

Причем:
$ grep Exec /usr/share/applications/synaptic.desktop /etc/X11/sysconfig/synaptic.desktop 
/usr/share/applications/synaptic.desktop:Exec=/usr/bin/synaptic
/etc/X11/sysconfig/synaptic.desktop:Exec=gksu -u root /usr/sbin/synaptic

$ rpm -qf /usr/share/applications/synaptic.desktop                                    
synaptic-usermode-1.3-alt1
$ rpm -qf /etc/X11/sysconfig/synaptic.desktop 
synaptic-0.57.2-alt2.4

Вариант из /etc/X11/sysconfig/synaptic.desktop надо, по-видимому, исключить (не включать в пакет synaptic).

Да нет, оба пункта вызывают /usr/bin/synaptic, что видно в редакторе. Понятно же, что это так обрабатывается наличие двух главных категорий (System;Settings;).

(В ответ на комментарий №9)
> наличие двух главных категорий (System;Settings;).
Так и есть. Надо убрать одну из них, если не хотите попадания в обе секции меню.
http://standards.freedesktop.org/menu-spec/1.0/apa.html

synaptic-usermode-1.3-alt2 -> sisyphus:

* Thu Oct 28 2010 Lenar Shakirov <snejok@altlinux> 1.3-alt2
- Settings removed from Category in desktop file (closes: #18642)