Соединения вида System %name - прочитаны из /etc/net/ifaces/*, и редактировать из nm-applet их действительно нельзя. Пропишите в конфигах то, что надо или отключите вообще плагин etcnet-alt в /etc/NetworkManager/nm-system-settings.conf.

Не считаю, что это notabug, но поскольку в альтераторе стоит "управляется NetworkManager`ом" и появилось после апгрейда branch4.1 -> branch5.0, тогда, вероятно, это является ошибкой alterator-eth?
Может можно проверять наличие незаказанных подключений?

В 4.1 etcnet-alt плагин не доделан, там он по сути читает только NM_CONTROLLED.
Если в /etc/net что-то настроено - я считаю вполне логичным давать возможность подключаться в соответствии с этими настройками, иначе с чего они там лежат, если они не правильные? К тому же считываются они оттуда до старта X'ов и nm-applet'а, соответственно и подключение устанавливается до запуска X'ов вообще.
Если эта функциональность не нужна - отключите etcnet-alt вообще, как я уже писал.
Можно прописать в options ONBOOT=no, тогда NM не будет подключаться автоматом, они будут просто доступны как варианты подключения в апплете.
А к alterator-eth это отношения точно не имеет.

Пояснения по работе плагина etcnet-alt:
Плагин etcnet-alt читает настройки из etcnet. При этом при установленной опции NM_CONTROLLED=no интерфейс не будет управляться NM. Для тех же интерфейсов, которыми NM управляет, устанавливается DISABLED=yes, чтобы интерфейс не управлялся etcnet (это все делает alterator-net-eth). Плагин etcnet-alt на опцию DISABLED внимания вообще не обращает.
Соединения, прочитанные в /etc/net/ifaces могут быть использованы NM для подключения, имеют статус общесистемных и не могут редактироваться/удаляться из редактора соединений nm-applet'а. 
Все это сделано вполне сознательно, если уже есть настройки в etcnet - нет смысла настраивать все это еще раз в том же апплете, к тому они доступны всем пользователям. 
Проблема может быть при обновлении с 4.1, где плагин etcnet-alt сильно урезан и не экспортирует соединения из /etc/net, соответственно если там лежат какие-то неактуальные конфиги - после обновления NM будет пытаться их использовать.
Но багом это не является.

http://www.altlinux.org/NetworkManager/feature