У меня та же ошибка. Детали:

Пробовал разные вариации этих настроек в config editor, не
помогло. В скобках правильные значения, как я понял доки:
network.protocol-handler.expose-all (false)
network.protocol-handler.external-default (true)
network.protocol-handler.warn-external.http (false)
network.protocol-handler.app.http (/usr/bin/url_handler.sh)

Если выставить expose-all в true, thunderbird предлагает
сохранить html, то есть на смену настройки реагирует.

Каталог ~/.thunderbird убивал, создавал настройки заново.
Почтовый ящик imap, подключен к ms exchange 2007, html письма
настроено показывать как plain text (ссылки всё равно
подчёркиваются).

Сам по себе url_handler работает, ссылки открывает в firefox:
/usr/bin/url_handler.sh http://altlinux.ru

В самом firefox экзотических настроек нет, установлен TabMixPlus.

Странно, что такая-же проблема была 2007г. ....
У меня тоже проявляется

*** This bug has been marked as a duplicate of bug 11503 ***