По-моему, это нужно делать независимо от графической среды. Перевешиваю на соответствующий пакет.

Это никто не должен. Зачем это вообще делать?

Хотя, какая разница? Этого просто делать не нужно.

В /etc/skel/.bash_profile есть строчки:
XDG_CONFIG_HOME=$HOME/.config
export XDG_CONFIG_HOME

Т.е. предполагается, что они задаются для всех пользователей. Но при переезде с други дистров,  или от шаловилвых рук пользователя эти строчки могут пропасть. Без них у меня были проблемы с каким-то софтом (сейчас уже не вспомню с каким) и это меня заставило приписать этот export в XDG_CONFIG_HOME

В общем логика такая: раз есть в skel, значит по задумке должно быть у всех польщователей, если этот баг загрыть фиксом, то оно будет у еще большего количества пользователей и будет закреплено более надежно.

(В ответ на комментарий №4)
> В /etc/skel/.bash_profile есть строчки:
> XDG_CONFIG_HOME=$HOME/.config
> export XDG_CONFIG_HOME
Это дублирование стандартного поведения
Не надо переокрывать.

Если хотите, повесьте багу на etcskel и меня в СС добавьте

(В ответ на комментарий №5)
> Если хотите, повесьте багу на etcskel и меня в СС добавьте
Я сам повешу