У меня дома x86-64, полученная в свое время из Server 4.0.1 и обновленная с неделю-полторы назад уже до Сизифа. Ни разу ничего подобного не наблюдал.
Сегодня обновлюсь дома еще и гляну.

> в чём разница между новособираемой системой и уже существующей
Думаю, в настройках клавиатуры XOrg

> Во-первых, интересно, воспроизводится ли оно на современных сборках
Уже крику было бы много.

Можно попробовать сравнить у свежезаведенного пользователя.

setxbmap -print

setxkbmap -print

(In reply to comment #3)
> setxkbmap -print

xkb_keymap {
        xkb_keycodes  { include "xfree86+aliases(qwerty)"       };
        xkb_types     { include "complete"      };
        xkb_compat    { include "complete+ledscroll(group_lock)"        };
        xkb_symbols   { include "pc+latin+ru(winkeys):2+group(ctrl_shift_toggle)"       };
        xkb_geometry  { include "pc(pc104)"     };
};

У меня почти так же, только ledscroll не включен и
xkb_symbols   { include "pc+us+ru(winkeys):2+group(ctrl_shift_toggle)"  };
Т.е. вместо "latin" у меня "us"

С русскими буквами та же история?

(In reply to comment #1)
> У меня дома x86-64, полученная в свое время из Server 4.0.1 и обновленная с
> неделю-полторы назад уже до Сизифа. Ни разу ничего подобного не наблюдал.
> Сегодня обновлюсь дома еще и гляну.
> 
> > в чём разница между новособираемой системой и уже существующей
> Думаю, в настройках клавиатуры XOrg
> 
> > Во-первых, интересно, воспроизводится ли оно на современных сборках
> Уже крику было бы много.
> 
> Можно попробовать сравнить у свежезаведенного пользователя.

У свежезаведенного всё хорошо.
Видимо, всё-таки не все настройки подчищались, спасибо.

(In reply to comment #5)
> У меня почти так же, только ledscroll не включен и
> xkb_symbols   { include "pc+us+ru(winkeys):2+group(ctrl_shift_toggle)"  };
> Т.е. вместо "latin" у меня "us"
> 
> С русскими буквами та же история?

Да, с русскими также.
Если будут высказаны какие-то мнения на тему, что именно надо почистить у пользователя - буду благодарна.

Стас с большой вероятностью подскажет, т.к. раньше alterator-xkb делал пользовательские настройки, т.е. он должен знать все места.

(In reply to comment #8)
> Стас с большой вероятностью подскажет, т.к. раньше alterator-xkb делал
> пользовательские настройки, т.е. он должен знать все места.

Убирание .Xkbmap помогло. Спасибо.