Пересобрал php без --disable-simplexml и закомментировал строчку в /etc/php/5.2.11/cli/php.d/simplexml.ini -- помогло.

http://bugs.php.net/bug.php?id=39704

Вкратце проблема в следующем. SimpleXMLIterator является классом библиотеки spl, а не simplexml, но при этом зависит от simplexml. Если simplexml отсутствует в момент сборки spl, которая собирается по умолчанию внутрь libphp, то искомого класса не будет.

Видится два способа решения проблемы:

1. Собрать simplexml внутрь libphp (--enable-simplexml), а пакет php5-simplexml удалить, как предложено в #1.

2. Если хочется сохранить simplexml в качестве extension, попытаться собирать и spl в качестве extension с зависимостью php5-spl -> php5-simplexml.

В ближайшей сборке исправим

php5-5.2.12.20091216-alt5 -> sisyphus:

* Fri Feb 05 2010 Anton Farygin <rider@altlinux> 5.2.12.20091216-alt5

- build simplexml in php5 package (closes #22210) (upstream bug #39704)

(В ответ на комментарий №4)
> php5-5.2.12.20091216-alt5 -> sisyphus:
> 
> * Fri Feb 05 2010 Anton Farygin <rider@altlinux> 5.2.12.20091216-alt5
> 
> - build simplexml in php5 package (closes #22210) (upstream bug #39704)

Что-то как-то неровно она поставилась:

 1: glibc-preinstall         ############################################################################ [  5%]
 2: glibc-core               ############################################################################ [ 10%]
 3: glibc-pthread            ############################################################################ [ 15%]
 4: php5-libs                ############################################################################ [ 21%]
Checking configuration sanity for httpd:  Processing config directory: /etc/httpd/conf/addon-modules.d/*.conf
 Processing config file: /etc/httpd/conf/addon-modules.d/apache-mod_php5.conf
Syntax error on line 1 of /etc/httpd/conf/addon-modules.d/apache-mod_php5.conf:
Cannot load /usr/lib/apache/libphp5.so into server: libphp-5.2.11.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
[FAILED]
error: execution of %preun scriptlet from php5-simplexml-5.2.11.20090722-alt1 failed, exit status 1
 5: glibc-gconv-modules      ############################################################################ [ 26%]
 6: glibc-nss                ############################################################################ [ 31%]
 7: iconv                    ############################################################################ [ 36%]
 8: php5-suhosin             ############################################################################ [ 42%]
 9: php5                     ############################################################################ [ 47%]
10: glibc-locales            ############################################################################ [ 52%]
11: glibc-timezones          ############################################################################ [ 57%]
12: glibc-utils              ############################################################################ [ 63%]
13: glibc-devel              ############################################################################ [ 68%]
14: glibc-i18ndata           ############################################################################ [ 73%]
15: php5-dom                 ############################################################################ [ 78%]
16: php5-mysqli              ############################################################################ [ 84%]
17: php5-mysql               ############################################################################ [ 89%]
18: apache-mod_php5          ############################################################################ [ 94%]
warning: /etc/php/5.2.12/apache-mod_php/php.d/suhosin.ini created as /etc/php/5.2.12/apache-mod_php/php.d/suhosin.ini.phpnew
warning: /etc/php/5.2.12/apache-mod_php/php.d/suhosin.ini created as /etc/php/5.2.12/apache-mod_php/php.d/suhosin.ini.phpnew
warning: /etc/php/5.2.12/apache-mod_php/php.d/suhosin.ini created as /etc/php/5.2.12/apache-mod_php/php.d/suhosin.ini.phpnew
Checking configuration sanity for httpd:  [ DONE ]
Reloading httpd service: Service libhttpd.ep is not running.[PASSED]
Checking configuration sanity for httpd:  [ DONE ]
Reloading httpd service: Service libhttpd.ep is not running.[PASSED]
warning: /etc/php/5.2.11/apache-mod_php/php.ini saved as /etc/php/5.2.11/apache-mod_php/php.ini.rpmsave
E: Some errors occurred while running transaction

после обновления перезапустилась нормально ?

Понятно, почему такая ошибка вылезает, но я не знаю как её правильно исправить.

Буду рад любым разумным предложениям.

Кстати, в системе установлен php-base-2.4-alt1, судя по этому:

> 18: apache-mod_php5         
> ############################################################################ [
> 94%]
> warning: /etc/php/5.2.12/apache-mod_php/php.d/suhosin.ini created as
> /etc/php/5.2.12/apache-mod_php/php.d/suhosin.ini.phpnew
> warning: /etc/php/5.2.12/apache-mod_php/php.d/suhosin.ini created as
> /etc/php/5.2.12/apache-mod_php/php.d/suhosin.ini.phpnew
> warning: /etc/php/5.2.12/apache-mod_php/php.d/suhosin.ini created as
> /etc/php/5.2.12/apache-mod_php/php.d/suhosin.ini.phpnew

Процитированное недоразумение исправлено в php-base-2.4-alt2.

Может, имеет смысл пакету php5-libs сделать зависимость
на php-base >= 2.4-alt3? Как раз на случай таких вот "точечных" обновлений php5.

Да, стоит сделать. Постараюсь не забыть добавить при следующей сборке.