При первой установки mysql, до этого не разу не ставился, отсутствует основной конфиг. На работу не влияет, но не приятно.

# apt-get install MySQL-server MySQL-client                                                                    
The following NEW packages will be installed:                                                                                        
1: MySQL-server   ################################ [100%]
Running /usr/lib/rpm/posttrans-filetriggers                                                                                                                   
Done.                                                                                                                                                         
# rpm -ql MySQL-server |grep my.cnf
/etc/my.cnf
/var/lib/mysql/my.cnf
# rpm -qf /etc/my.cnf
MySQL-server-5.0.83-alt2
# ls -la /etc/my.cnf
ls: cannot access /etc/my.cnf: No such file or directory
# /etc/init.d/mysqld start
Starting mysqld service: [ DONE ]