ну и славно.

(В ответ на комментарий №1)
> ну и славно.
Так пересоберете или нет?

врядли.
по крайней мере не раньше, чем меня известят, как такое поведение повторить.

Переоткрываю.
В Гноме и КДЕ3 все нормально.
А в КДЕ4 Twinkle путает системный лоток с виджетом "Комната:Рабочий стол" в связи с чем пихает свой значек(желтую пятиконечную звезду) не в системный лоток, а в левый верхний угол экрана
Функциональность при этом не нарушается. Хотя вокруг звезды наблюдаются некторые артефакты.... 

Дополнение:
Если Twinkle стартует вместе c системой, если ты не вышел из него при, например, перезагрузке, то он правильно и нормально появляется в "Системном лотке".
Однако если выйти из Twinkle и запустить его опять, то вышеупомянутая ошибка возникает....

После сегодняшного обновления KDE до 4.5.0-alt1 "дополнение" из моего прошлого комментария недействительно.
Иконка теперь всегда не попадает в трей, а улетает в верхний левый угол экрана.
Если там находится виджет "Просмотр папки" и иконка попадает на него, то все содержимое окна виджета превращается в кашу и остатки двигавшихся по нему объектов (бордюры окон, курсоры, мусор вобщем).

Что характерно, в KDE 4.4 "Просмотр папки" не портился.

что ж, можно считать, что автора twinkle не заботила проблема
взаимодействия с kde 4.x.

мне кажется, что эта проблема касается, в первую очередь, KDE4.5

В twinkle своя реализация systray.
Могу посоветовать вырезать всё про KDE, т.к. эти места рассчитаны на KDE3.
Возможно, из-за этого и проблема, т.к. оно ведет себя как для очень старого KDE3 c еще до-freedesktop-ным systray.

А если не получиться, собрать с KDE-шной реализацией systray

попробуйте twinkle-1.4.2-alt3

seems fixed

(В ответ на комментарий №11)
> seems fixed
У меня не работает. У кого-то работает?
twinkle-1.4.2-alt3
kde4*-4.5.0-alt1

(В ответ на комментарий №12)
> У кого-то работает?
У меня в KDE-4.5.0

(В ответ на комментарий №11)
> seems fixed

twinkle-1.4.2-alt3
kde4*-4.5.0-alt1

Все по-старому: иконка в левом верхнем углу экрана.

Я так думаю, что авторы забили на twinkle... Полтора года ничего не делали.
Есть ли смысл переписывать работу с systray вместо них?

Хороните наверное :)

В сборке под Qt5
twinkle-1.9.0-alt1
не наблюдаю пропадания. Проверьте, пожалуйста.