в /etc/sysconfig/freenx-server выставляем время жизни, и терминатор типа убивает залежалые сессии. НО!

Проблема в том, что время жизни исчисляется от начала сессии, а не от перехода ее в состояние суспенд.
Как следствие долгоработающие сессии растреливаются при первом запуске скрипта после перехода в состояние суспенд.

вариант решения - в скрипте terminate-suspend-nx.sh вместо строки:
sessiontime=`cat $nxdir/$f | grep creationTime | cut -d= -f2`
написать:
sessiontime=`stat -c %Y $nxdir/$f`

и тогда врямя начнет отсчитываться от последней модификации, т.е. внесения записи "Suspended" .