Да, я тоже не понял, откуда оно взяло skip-bdb.
P.S. Два отдельных бага точно нужно?

Почему-то не сработал триггер обновления.
 /var/lib/mysql/my.cnf в студию

[mysqld]
# Default to using old password format for compatibility with mysql 3.x
# clients (those using the mysqlclient10 compatibility package).
# old_passwords=1

# FIXME! bdb maybe work on x86/Linux and amd64/Linux
chroot=/var/lib/mysql
datadir=/db
#log=/log/queries
pid-file=/mysqld.pid
skip-external-locking
#skip-networking
socket=/mysql.sock
tmpdir=/tmp
user=mysql

*** Bug 24135 has been marked as a duplicate of this bug. ***

Судя по этому - сработал.
А что в /etc/sysconfig/mysqld?

# cat /etc/sysconfig/mysqld 
# custom server charset
CHSET=

# mysqld process nice level (default 10)
NICE=

# other server opts
OPT=

# cat  /var/lib/mysql/my.cnf 
[mysqld]
chroot=/var/lib/mysql
datadir=/db
#log=/log/queries
pid-file=/mysqld.pid
skip-external-locking
skip-networking
socket=/mysql.sock
tmpdir=/tmp
user=mysql

# fgrep skip-bdb /usr/sbin/mysql_install_db 
                         $mysqld --bootstrap --skip-innodb --skip-bdb --skip-ndbcluster \
                         $mysqld --bootstrap --skip-innodb --skip-bdb --skip-ndbcluster \

(In reply to comment #7)
> # fgrep skip-bdb /usr/sbin/mysql_install_db 
>                          $mysqld --bootstrap --skip-innodb --skip-bdb
> --skip-ndbcluster \
>                          $mysqld --bootstrap --skip-innodb --skip-bdb
> --skip-ndbcluster \

да, я уже нашёл. Попробуй удалить --skip-bdb и запустить. Если всё хорошо - я сейчас запатчу.

да, ndbcluster тоже лишний

да, убрал - теперь перезапускается нормально

Fixed in 5.1.50-alt3

Там ещё в /usr/sbin/mysql_migrate затесалось --skip-bdb.

(In reply to comment #12)
> Там ещё в /usr/sbin/mysql_migrate затесалось --skip-bdb.

Спасибо, и это тоже поправил.