Внёс несколько поправок, в общей сложности представляющих следующие изменения:
--- a/sisyphus_check/fhs
+++ b/sisyphus_check/fhs
@@ -11,9 +11,12 @@ chrooted-resolv              ^/var/resolv($|/)
 dev                    ^/dev($|/)
 dev-minimal            ^/dev($|/)
 gpm                    ^/dev/gpmctl$
-i386-mingw32msvc-*     ^/usr/i386-mingw32msvc($|/)
+i586-pc-mingw32-*      ^/usr/i586-pc-mingw32($|/)
+i586-pc-mingw64-*      ^/usr/i586-pc-mingw64($|/)
+x86_64-pc-mingw64-*    ^/usr/x86_64-pc-mingw64($|/)
 m68k-palmos-*          ^/usr/m68k-palmos($|/)
 mingw32-*              ^/usr/i586-pc-mingw32($|/)
+mingw64-*              ^/usr/x86_64-pc-mingw64($|/)
 oracle-preinstall      ^/opt/oracle($|/)
 pam[02]_mktemp         ^/tmp/\.private$
 prc-tools-common       ^/opt/palmdev$

Изменения доступны в git (ветка alt):
http://git.altlinux.org/people/sin/packages/sisyphus_check.git?p=sisyphus_check.git;a=shortlog;h=refs/heads/alt

1. Пакетов i586-pc-mingw32 не существует, так что повод для переделки не ясен
2. В связи с тем, что mingw64 не поддерживается в config.sub, просьба пока ничего не делать :)

Пока пройдут годы до измненений в autotools, нужно разрешить /usr/x86_64-pc-mingw32 для пакетов mingw64-*.

Патч здесь:
http://git.altlinux.org/people/lav/packages/sisyphus_check.git?p=sisyphus_check.git;a=commitdiff;h=7b9dbfa4bfd72408d9d53e63d7c9a13737bb70d9

sisyphus_check-0.8.23-alt1 -> sisyphus:

* Sun Apr 17 2011 Dmitry V. Levin <ldv@altlinux> 0.8.23-alt1
- fhs: added exception for mingw64-* packages (closes: #25453).

Спасибо!

Это нужно где-то обновить sisyphus_check ?
sisyphus_check: check-fhs ERROR: FHS violation
hsh-rebuild: pkg.tar: sisyphus_check failed.
2011-Apr-23 22:13:31 :: [x86_64] mingw64-filesystem.git 23-alt2: remote: build failed
2011-Apr-23 22:13:31 :: [x86_64] #200 mingw64-filesystem.git 23-alt2: build FAILED
/.out/mingw64-filesystem-23-alt2.noarch.rpm: FHS-2.2 violations: /usr/x86_64-pc-mingw32

(In reply to comment #6)
> Это нужно где-то обновить sisyphus_check ?

Да, конечно.

(В ответ на комментарий №7)
> (In reply to comment #6)
> > Это нужно где-то обновить sisyphus_check ?
> 
> Да, конечно.
А что нужно сделать мне, чтобы это произошло для сборки через git.alt ?

(In reply to comment #8)
> (В ответ на комментарий №7)
> > (In reply to comment #6)
> > > Это нужно где-то обновить sisyphus_check ?
> > 
> > Да, конечно.
> А что нужно сделать мне, чтобы это произошло для сборки через git.alt ?

Это уже произошло.

В какой-то момент обсуждения /usr/x86_64-pc-mingw64 превратилось в /usr/x86_64-pc-mingw32.

sisyphus_check-0.8.24-alt1 -> sisyphus:

* Tue Apr 26 2011 Dmitry V. Levin <ldv@altlinux> 0.8.24-alt1
- fhs: changed exception for mingw64-* packages (closes: #25453).

Ах, вот что... Спасибо!