При apt-get install transmission поставились пакеты 
transmission transmission-cli transmission-common transmission-daemon transmission-gui-common transmission-qt transmission-remote

При этом:

[root@cas ~]# grep Exec /usr/share/applications/transmission.desktop
Exec=transmission-gtk %U
[root@cas ~]# ll `which transmission`
lrwxrwxrwx 1 root root 45 Июн  1 13:25 /usr/bin/transmission -> /etc/alternatives/links/|usr|bin|transmission

Прошу убрать явное указание transmission-gtk в .desktop-файле. Тогда будет работать с любым фронтэндом.