Надо скопировать в p6 из t6 (можете тем временем поставить вручную и лишний раз проверить):

* Tue Apr 24 2012 Michael Shigorin <mike@altlinux.org> 5.1.62-alt0.M60T.1
- built for M60T

* Fri Mar 23 2012 Michael Shigorin <mike@altlinux.org> 5.1.62-alt1
- 5.1.62
- /dev/urandom tweaks
- spec cleanup

* Wed Mar 21 2012 Michael Shigorin <mike@altlinux.org> 5.1.61-alt2
- create /dev/urandom in chroot so SSL support actually works;
  thanks naf@ (closes: #27100)

* Thu Jan 12 2012 Michael Shigorin <mike@altlinux.org> 5.1.61-alt1
- 5.1.61

* Fri Dec 30 2011 Michael Shigorin <mike@altlinux.org> 5.1.60-alt2
- please note that 5.1.50-alt1 introduced modular InnoDB support
  thus the plugin must be loaded if it's supposed to be used

Возможно, есть смысл собрать 5.1.68 для начала в t6...

(In reply to comment #0)
> Installation of system tables failed!
Ещё возможно, что придётся для 5.1.x доработать mysql_install_db для поддержки вот такого вот innodb, который в 5.5.x откатили из модулей назад.

(В ответ на комментарий №1)
> Надо скопировать в p6 из t6 (можете тем временем поставить вручную и лишний раз
> проверить):
#90406 TESTED #1 [test-only] p6 copy=MySQL


[root@main ~]# tail -n2 /var/lib/mysql/my.cnf
ignore-builtin-innodb
plugin-load=innodb=ha_innodb_plugin.so
[root@main ~]# service mysqld restart
Sending TERM signal to mysqld:                                                                                                                                              [ DONE ]
Waiting, while mysqld actualy stopped:                                                                                                                                      [ DONE ]
Adjusting environment for mysqld:                                                                                                                                           [ DONE ]
Starting mysqld service:                                                                                                                                                    [ DONE ]
[root@main ~]# service mysqld  status
mysqld is dead, but subsystem is locked

Не работает.

Не удалил все  процессы. После этого всё запустилось и выдало InnoDB в show plugins;

Соответственно, таблицы с явным прописыванием ENGINE=InnoDB в CREATE TABLE создаются и показывают engine в show table status.

Проверьте задание под p6:

apt-repo add task 90406
apt-get update
apt-get dist-upgrade

Если всё устроит, отправлю в p6.

При этом строка default-storage-engine = InnoDB всё также не даёт запустить mysqld.

Разбираясь с аналогичной проблемой, пришел пока к таким выводам:
1. В документации и во всех советах в интернете для установки default storage engine в MySQL 5.1 (любом) нужно прописать default-storage-engine=InnoDB. У всех это работает и ничего не ругается
2. В нашей сборке (mysqld из t6, 5.1.62, кажется), при установке этого параметра ругается именно наш скрипт-обвязка вокруг mysqld. Которая /usr/sbin/mysql_install_db: Installation of system tables failed!

Но при этом mysqld запускается, default storage engine становится InnoDB и вроде как всё работает.

Судя по тому, что никто в "этих ваших интернетах" не жалуется на такую проблему вообще, проблема в наших скриптах.  Такое моё предположение, доказать пока нет времени, вчера только немного позанимался этим.

Действительно, в p6 попытка установить default-storage-engine=InnoDB в файле /var/lib/mysql/my.cnf приводит к ругани при запуске сервера, поскольку скрипт /usr/sbin/mysql_install_db вызывает mysqld с опцией --skip-innodb, которая несовместима с default-storage-engine=InnoDB вне зависимости от наличия или отсутствия параметра ignore-builtin-innodb. При этом ругань не мешает последующему запуску сервера, если системные таблицы на самом деле уже были созданы.

Способ установки InnoDB по умолчанию, работающий в p6 - указывать этот параметр в /etc/sysconfig/mysqld:

OPT="--default-storage-engine=innodb"

Что касается системных таблиц - они и должны быть в формате MyISAM, это указано в документации MySQL:

http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/converting-tables-to-innodb.html

Пакет пропускаем при условии последнего замечания?

В p6 сейчас MySQL-5.1.62, в котором при задании default-storage-engine=InnoDB в my.cnf демон mysqld всё же запускается. Осталась одна косметическая проблема при создании баз данных (а именно в /usr/sbin/mysql_install_db нужно убрать перестраховочный --skip-innodb [в p6 и Sisyphus/p7]).

работает.