На пакет apt-indicator.

При нажатии кнопки обновления должно быть показано диалоговое окно с запросом пароля суперпользователя. Как при при закрытии его кнопкой «Отмена» и показывается это сообщение.

Сергей, может убрать эти отладочные диалоги для повышения юзабилити?

"...окно с запросом пароля суперпользователя" - оно так и работало. Недели 2-3 назад перестало. Окошко вылетает при нажатии кнопки обновление, так и при нажатиии автоматическое обновление. Кнопки отмена, насколько помню нет. Забыл написать, DE-gnome

Тогда проблема запуска gksu.

Установите gksu

Может еще сказывается, что пользователь домена MS AD. Но раньше все работало
Run upgrade program выдает:
xdg-su -c /usr/sbin/synaptic was exited with code 4
Automatic upgrade
xdg-su -c /usr/sbin/synaptic --update-at-startup --dist-upgrade-mode --non-interactive was exited with code 4
в системе xdg-utils-1.1.0-alt5, libgksu-2.0.12-alt4
после установки gksu 
Automatic
Failed to run /usr/sbin/synaptic --update-at-startup --dist-upgrade-mode --non-interactive as user root.
Failed to communicate with gksu-run-helper.
Received:
While expecting:
 gksu: waiting
При закрытии этого окошка:
xdg-su -c /usr/sbin/synaptic --update-at-startup --dist-upgrade-mode --non-interactive was exited with code 4

upgrade
Failed to run /usr/sbin/synaptic as user root.
Failed to communicate with gksu-run-helper.
Received:
While expecting:
 gksu: waiting
xdg-su -c /usr/sbin/synaptic was exited with code 4

Повесьте баг на gksu.
Но, скорее всего это DE или тот, кто что-то недоинициализировал перед запуском DE, виноват.

Кстати, какой DE и DM ?

gnome-desktop-2.32.1-alt3
gdm-2.32.2-alt1.M60T.2

А пароль-то спрашивает? Synaptic потом запускается?

нет, при нажатии кнопок и выдает ошибку вместо требования пароля. Синаптик, естественно, и не запускается. Сегодня прилетело обновление apt-indicator-а. Будут еще обновления-проверю с новым

(В ответ на комментарий №10)
> прилетело обновление apt-indicator-а.
Там нет ничего на эту тему

(В ответ на комментарий №10)
> нет, при нажатии кнопок и выдает ошибку вместо требования пароля
При запуске из эмулятора терминала `gksu /usr/sbin/synaptic` тоже?

`gksu /usr/sbin/synaptic` 
Failed to run /usr/sbin/synaptic as user root.
Failed to communicate with gksu-run-helper.
Received:
While expecting:
 gksu: waiting

В GNOME3 тот же самый xdg-su/gksu работает, поэтому перевешиваю на GNOME.

P.S.
В качестве варианта решения можно собрать в p6 gnomesu, но не пробовал.

Похожая ошибка #27098

Продукт более не поддерживается. Если актуально, то необходимо перевешать на новый поддерживаемый репозиторий (p10, p11, Sisyphus).