В сизифе уже make-initrd-0.7.2. Подтвердите проблему на нём.

Полноценно проверить не могу - Сизиф пока не стоит нигде.
Точечно обновил в p6:

apt-get: libkmod-5-alt2 installed
apt-get: kinit-utils-1.5.25-alt1 installed
apt-get: kinit-utils-1.5.17-alt1 removed
apt-get: make-initrd-0.7.2-alt1 installed
apt-get: make-initrd-0.6.1-alt1.1 removed

"Unable to find root device" больше не пишет, список модулей получается похож на правду, но ядра не грузятся, загрузка встаёт на запуске udev. Просто так из Сизфа новый make-initrd не переносится...

Вообще, наверное, надо на p6 перевешивать, видимо, в Сизифе должно работать.

Как-минимум, 0.6.2 ведь можно перенести в p6? Он вроде достаточно обкатан

Поставил make-initrd-0.7.8-alt1:

apt-get: libkmod-8-alt2 installed
apt-get: kinit-utils-1.5.25-alt1 installed
apt-get: kinit-utils-1.5.17-alt1 removed
apt-get: make-initrd-0.7.8-alt1 installed
apt-get: make-initrd-0.6.1-alt1.1 removed

Ставил из t6, поверил, снова необновляющемуся, http://packages.altlinux.org/, что там 0.6.2. Но, вроде бы, удачно. По крайней мере, ядро kernel-image-ovz-el-2.6.32-alt40.M60P.2 поставилось и загрузилось.

В KDesktop несколько менее удачно получилось. К обновлению добавилось ещё вот это:

apt-get: make-initrd-devmapper-0.7.8-alt1 installed 
apt-get: make-initrd-devmapper-0.6.1-alt1.1 removed 
apt-get: make-initrd-plymouth-0.7.8-alt1 installed 
apt-get: make-initrd-plymouth-0.6.1-alt1.1 removed 
apt-get: make-initrd-lvm-0.7.8-alt1 installed 
apt-get: make-initrd-lvm-0.6.1-alt1.1 removed 

Вылезла бага, на сколько я понимаю, с Плимутом: в какой-то момент бегущий прогресс бар пропадает и остаётся чёрный экран до момента вывода приглашения залогиниться. Плюс ещё ругается на недоступность /etc/syslog.d в самом-самом начале, в момент загрузки initrd видимо.

С make-initrd-0.6.1-alt1.1 не подтверждаю