Для текущего 5.1.61-alt1, а также как минимум для 5.1.56-alt4 из t6, невозможны соединения с сервером с использованием SSL.

Настройка сервера:
[mysqld]
....
ssl=1
ssl-cert=/etc/mysql/server.cert
ssl-key=/etc/mysql/server.key
....

Сертификаты создаются с использованием cert-sh-functions. 
/etc/mysql/ создаётся внутри chroot. 
После перезапуска сервера согласно "SHOW VARIABLES LIKE '%ssl%'" поддержка SSL в нём включена.

Подключение клиента через SSL заканчивается ошибкой:

# mysql --ssl --ssl-ca=/var/lib/mysql/etc/mysql/server.cert   
ERROR 2026 (HY000): SSL connection error

Сообщение на стороне сервера - "08S01Bad handshake".

Причина - отсутствие внутри chroot /dev/urandom .

После создания устройства и перезапуска сервера
mkdir /var/lib/mysql/dev
mknod /var/lib/mysql/dev/urandom c 1 9
chown root:root /var/lib/mysql/dev /var/lib/mysql/dev/urandom
service mysqld restart

соединения через SSL начинают работать:
# mysql --ssl --ssl-ca=/var/lib/mysql/etc/mysql/server.cert
....
mysql> status;
...
SSL:                    Cipher in use is DHE-RSA-AES256-SHA
...