Как оказалось, BuildArch: noarch непосредственно на сам пакет блокирует действие макросов %ifarch/%ifnarch, поскольку текущей архитектурой на любой машине тогда считается "noarch". Может это и правильно, но тэга просто "Arch" нет, а noarch пакеты на разных архитектурах могут собираться по разному. Единственный выход, который я нашёл — это указывать BuildArch для каждого подпакета, убрав его из корня:

http://git.altlinux.org/people/manowar/packages/?p=branding-altlinux-lxdesktop.git;a=commitdiff;h=1069506a5b4888caef058471288d7607c030eb82