Собирался создать отдельный новый баг-репорт, но этот отлично описывает проблему.

Эта проблема существует практически во всех современных дистрибутивах с Gnome > 3.4 - Ubuntu 12.10, 13.04 (даже с Gnome 3.8 из ppa);  OpenSuse 12.3 и Tumbleweed; Fedora 18 and 19; Sabayon 11. Теперь еще и в седьмой платформе.
В этих дистрибутивах Safely remove либо отсутствует либо работает не так, как я привык - светодиод на флешке продолжает гореть после извлечения, а usb-жесткий диск продолжает вращаться. 

Например, в ubuntu этот bug затрагивает 94 пользователя (launchpad.net/bugs/1067876). Ссылки на баг-трекеры остальных дистрибутивов вы можете найти на этой же странице.
 
Эту проблему я лично поднимал на следующих ресурсах:
* Linux.org.ru (https://www.linux.org.ru/forum/linux-hardware/8958167)
* Opennet.ru (http://www.opennet.ru/openforum/vsluhforumID15/4005.html)
* Linuxforum.ru (http://linuxforum.ru/viewtopic.php?id=27313)
Особых результатов это не дало.

Разработчики Gnome про проблему знают, но особой скорости её решения не наблюдается.

Проблеме не подвержены дистрибутивы с Gnome 2.3x и Gnome 3.4 -  Ubuntu 12.04, Gentoo stable, Debian 6 and Debian 7. Шестую платформу не тестировал.

По состоянию на сегодняшний день баг не исправлен в 7й платформе.

Внешние винчестеры останавливаются автоматически при отключении шнура питания.

Спасибо за ответ, Андрей!
Вы все правильно делаете, что не хотите связываться с проблемами из upstream'а.

Но тем не менее, обозначенная проблема существует. Пользователи, пришедшие из Windows, привыкли видеть опцию Безопасного извлечения. Им будет не понятно, почему ее нет в современном Linux.

Сейчас эта опция остается в Debain 6 и 7, Ubuntu <= 12.04, Mint <= 14, Gentoo (с Gnome 2.32).

В остальных (более новых) версиях остается возможность безопасного извлечения только из консоли (udisks --detach /dev/sdX) - это не удобно, не понятно и не наглядно.

Да, я понимаю, что:
1. внешние USB-SATA HDD поддерживают hot-swap и hot-plug.
2. после сброса кешей (unomunt'а) данным ничего не угрожает на любом носителе.
Но мне не комфортно выдергивать usb-разъем вращающегося usb-hdd и светящуюся usb-flash.

Поэтому я думаю, что было бы хорошо вернуть эту опцию. Понятно, что не силами команды ALT Linux, а силами разработчиков Gnome при должном давлении/внимании к этой проблеме со стороны дистрибутивов. 
Так, например, в Ubuntu насчитывается 97 недовольных пользователей, которым не нравится отсутствие опции Безопасного извлечения.