Если удалить корень чрута, то подкаталоги (к примеру, bin для postgresql9.0) в чруте не содаётся и файлы не копируются.

Решением могло бы стать принудительное создание в функции Сopy структуры каталогов по указанному пути:


        if ! ln -nf $verbose "$src" "$dst" 2>/dev/null; then
                mkdir -p "$(dirname "$dst")"
                $cp -p $verbose $args "$src" "$dst"
        fi