Вместе с npm apt требует установить emacs (выбирается emacs-nox), который ни мне, ни npm, не нужен. Однако

$ rpm -q --requires npm | grep emacs
/usr/bin/emacs

Думаю, что эта зависимость подхвачена роботом при анализе /usr/lib/node_modules/npm/node_modules/node-gyp/gyp/tools/emacs/run-unit-tests.sh

Пожалуйста, уберите эту зависимость.