Если не сложно, предложите решение, что надо исправить в пакете в обоих случаях.

В идеале - написать юнит-файл (увы, сходу не нарисую хороший). В краткосрочной перспективе - добавить mkdir в sysv-скрипт для конфигурации по умолчанию (с сокетом в /var/run/fail2ban).

Если админ будет сам указывать другой путь до сокета, то должен позаботиться чтобы этот путь существовал при загрузке.

Хорошо бы ещё заменить /var/run на /run .

Оказалось достаточными создать файл /etc/tmpfiles.d/fail2ban с содержимым:
==8<===============================================
d	/var/run/fail2ban	0755	root	root
==8<===============================================

Created attachment 6114 [details]
Юнит-файл

Рабочий конфиг tmpfiles уже есть в дистрибутиве (папка files). Там же есть и юнит-файл. Я немного подрихтовал его по образцу /etc/init.d/fail2ban. УМВР.

Кстати, вижу что не все нужные файлы упакованы. Например, не хватает мана jail.conf(5).

fail2ban-0.8.13-alt2 -> sisyphus:

* Tue Jul 15 2014 Vitaly Lipatov <lav@altlinux> 0.8.13-alt2
- add missed systemd server script, man jail.conf, tmpfiles file (ALT bug #29469)

Ещё такая мелочь в логе:

Jul 16 22:59:31 thinkpad systemd[1]: Configuration file /lib/systemd/system/fail2ban.service is marked executable. Please remove executable per
mission bits. Proceeding anyway.

хорошо бы убрать бит исполнения с юнит-файла.

(В ответ на комментарий №7)
...
> хорошо бы убрать бит исполнения с юнит-файла.
Да, ошибся, убрал с конфигов.