это как воспроизвести ?

[root@riderkvmS ~]# shapercontrol status
verbose = 3
sc: no shaping rules found
[root@riderkvmS ~]# echo $?
3

можно увидеть вывод shapercontrol status в описываемой ситуации ?

[root@c244 ~]# service sc status
sc: unable to read configuration file /etc/sc/sc.conf at /usr/sbin/shapercontrol line 625.
	main::log_carp('unable to read configuration file /etc/sc/sc.conf') called at /usr/sbin/shapercontrol line 350
sc: no shaping rules found
[root@c244 ~]# echo $?
0

Это при отсутствии /etc/sc/sc.conf совсем. При его наличии все равно видел 0, возможно при этом оно ругалось на какие-то параметры в конфиге (хотя start все равно правила применял).

А, это только в init-скрипте проблема, похоже:
[root@c244 ~]# shapercontrol status
sc: unable to read configuration file /etc/sc/sc.conf at /usr/sbin/shapercontrol line 625.
	main::log_carp('unable to read configuration file /etc/sc/sc.conf') called at /usr/sbin/shapercontrol line 350
sc: no shaping rules found
[root@c244 ~]# echo $?
3

Там просто опечатка
s/REVAL/RETVAL/

shapercontrol-1.5.1-alt5 -> sisyphus:

* Sat Aug 30 2014 Anton Farygin <rider@altlinux> 1.5.1-alt5
- fixed typo in iniscript (closes: #30268)