Похоже это непобедимый баг gnome 3.8. В последующих версиях gnome, проблема не воспроизводилась. Как временное решение можно использовать в автозапуске сеанса скрипт с таким содержанием:

#! /bin/bash
gsettings set org.gnome.desktop.input-sources xkb-options "['grp:alt_shift_toggle']"

Виноват /etc/profile.d/00dconf-kbd.sh который устанавливается при установке стартеркита с Gnome3. Этот файл ни к одному из пакетов не принадлежит. Необходимо просто удалить этот файл.

По сути это не баг, а фича стартеркита с gnоme3.