В ntp.conf версии 4.2.8-alt1 есть такое:

interface ignore wildcard
interface listen 127.0.0.1

При его наличии с сетью он отказывается общаться совсем.
проверка:
1. наличие
#ntpd -gqd

move_fd: estimated max descriptors: 1024, initial socket boundary: 16
24 Jul 09:41:53 ntpd[408069]: Listen normally on 0 lo 127.0.0.1:123
restrict: op 1 addr 127.0.0.1 mask 255.255.255.255 mflags 00003000 flags 00000001
24 Jul 09:41:53 ntpd[408069]: Listening on routing socket on fd #17 for interface updates
restrict: op 1 addr 0.0.0.0 mask 0.0.0.0 mflags 00000000 flags 00000085
restrict: op 1 addr 127.0.0.1 mask 255.255.255.255 mflags 00000000 flags 00000000
restrict source template mflags 4000 flags 0

Пакетов нет, источников нет, слушает только lo
далее видно (перебирает пиры)

peer_name_resolved(3.ru.pool.ntp.org) rescode 0
peer_clear: at 0 next 4 associd 14356 refid INIT
restrict_source: 93.180.6.3 host restriction added
newpeer: <null>->93.180.6.3 mode 3 vers 4 poll 6 10 flags 0x101 0x1 ttl 0 key 00000000
select() returned -1: Interrupted system call
select() returned -1: Interrupted system call
select() returned -1: Interrupted system call

И так бесконечно продолжает висеть.
(внимание к этому: newpeer: <null> ..)

Теперь из конфига указанные строки убираются.
24 Jul 09:48:13 ntpd[409150]: Listen normally on 1 lo 127.0.0.1:123
restrict: op 1 addr 127.0.0.1 mask 255.255.255.255 mflags 00003000 flags 00000001
24 Jul 09:48:13 ntpd[409150]: Listen normally on 2 vzbr0 192.168.100.100:123

Появляется реальный сетевой интерфейс кроме lo

появляются пакеты
newpeer: 192.168.100.100->195.161.115.4 mode 3 vers 4 poll 6 10 flags 0x101 0x1 ttl 0 key 00000000
select() returned -1: Interrupted system call
transmit: at 1 172.16.214.110->85.21.78.23 mode 3 len 48
processing that packet
receive: at 1 172.16.214.110<-85.21.78.23 mode 4 len 48

Предлагается убрать эти строки из конфига.