Предлагаю опакетить ZGRViewer (см. http://zvtm.sourceforge.net/zgrviewer.html) -- это просмотрщик графов в формате .dot (см. список вьюеров на http://www.portablecomponentsforall.com/edu/graphviz-about-ru/). На мой взгляд, с большими графами справляется лучше чем dotty из graphviz (у меня dotty не смог отобразить текстовые метки в читабельном виде).