1. /sbin/hwclock --version ? 
2. С /etc/localtime всё в порядке? 

[syatskevich]-> /sbin/hwclock --version
hwclock 2.22

Завтра поставлю новую версию (2.23) и проверю опять.

А что может быть не в порядке с /etc/localtime. Дело в том, что этот файл у меня
тянется уже несколько лет с первой установки системы. До некоторого времени все
прекрасно работало, однако начиная с некоторого (к сожалению я не сразу обратил
внимание с какого) момента вдруг "сломалось".

Поставил на сервере hwclock 2.23. Сделал /etc/localtime симлинком на
/usr/share/zoneinfo/Europe/Moscow. Все равно тот же эффект, hwclock --utc и
hwclock --localtime показывают одно и тоже время. Вот еще мой /etc/adjtime:
0 0 0.000000
0
UTC 1900
0.000000

Файл /etc/localtime должен существовать и при этом не быть symlink'ом (/usr может не 
быть смонтирован в момент использования /etc/localtime). 
 

Excerpt from hwclock(8): 
 
--show 
Read the Hardware Clock and print the time on Standard Output. 
The time is always in local time, even if you keep your Hardware 
Clock in Coordinated Universal Time. 

Хорошо, тогда почему один и тот же результат дают команды установки системного
времени:

hwclock --hctosys --localtime; date
hwclock --hctosys --utc; date

хотя по логике, для Москвы, если HardwareClock не меняется, эти два вызова
должны устанавливать разное системное время (во втором случае должно быть
на 3 часа больше).

Если очистить файл /etc/adjtime (как по умолчанию при установке пакета
hwclock 2.23), то при загрузке системное время выставляется так, как мне
надо (т.е. считается что HardwareClock считает локальное время).
Однако если при этом установить в /etc/sysconfig/clock: UTC=true, то время
начинает устанавливаться неверно (все равно как будто считается, что HC
считает локальное время).

-----------------
P.S. симлинк я сделал просто для того, чтобы точно гарантировать, что
/etc/localtime содержит правильную временную зону (у меня /usr находится
в корневом разделе).

Fixed in hwclock-2.23-alt3.