Пакет давно не пересобирался
rpm -q --changelog apt-conf-sisyphus-7.0-alt2

* Пн июн 03 2013 Gleb F-Malinovskiy <glebfm@altlinux.org> 7.0-alt2
- move desktop files to altlinux-repos package

В vendors.list нет ничего толкового о применяемых ключах:
$ cat /etc/apt/vendors.list.d/alt.list 
simple-key "alt" {
	Fingerprint "49B01E70C64124E6742EAE7195C584D5AE4AE412";
	Name "ALT Linux incominger <incominger@altlinux.org>";
}

simple-key "updates" {
	Fingerprint "64032F109FD0C4331F572CC0DC9E95C2231114B3";
	Name "ALT Linux updates <updates@altlinux.org>";
}