sed -i -r 's;^(NM_SYSCTL_CONF=);#\1;' /etc/sysconfig/NetworkManager

Проверки на существование файла нет намеренно: в переменной можно указать произвольный конфиг для sysctl и в случае, если файл не существует (опечатка в имени, например) молча скрывать ошибку не хорошо.
Отсутствие etcnet при наличии NM это скорее не типичная ситуация. И в этом случае стоит еще выключить плагин etcnet-alt в /etc/NetworkManager/NetworkManager.conf, т.е. все равно нужна ручная настройка.

Во времена systemd-networkd отсутствие etcnet уже достаточно распространенное явление, однако за подсказку с NM_SYSCTL_CONF и etcnet-alt спасибо. Я верно понял, что мне достаточно выключить этот плагин и NM_SYSCTL_CONF даже не трогать?

Нет, закомментировать NM_SYSCTL_CONF (или присвоить пустую стоку) все равно надо.
Никакого отношения к etcnet-alt это не имеет, это плагин, который читает соединения из etcnet.
Впрочем, отсутствие sysctl.conf действительно не должно быть фатальным, пожалуй. Просто ругани будут достаточно.