Напишите подробнее в какой именно ситуации агент не находится, пожалуйста. У меня не получается воспроизвести с polkit-gnome.

Не находит при выборе wi-fi сети в gtk-апплете. Появляется окно ввода пароля для wi-fi (раньше спрашивался пароль пользователя и только потом пароль для wi-fi), в этом окне можно выбрать будет ли соединение для всех пользователей, только для этого пользователя или же подключиться, не сохраняя пароль, для соединения. Если выбрать для всех пользователей (по-умолчанию) соединение создаётся, пароль не сохраняется, галочка для всех пользователей в настройках соединения не установлена.
Я с gnome-polkit не проверял ещё (проверю, отпишусь). Только с lxde-lxpolkit и mate-polkit. Собственно, заметил вчера эту проблему Михаил Шигорин, и стал грешить на lxpolkit. Но так как эта же проблема один в один воспроизвелась с mate-polkit появились основания грешить на gtk-апплет NetworkManager.

Кажется воспроизвел, посмотрю.

Сегодня по случаю проверил на basealt-p8-cinnamon-20160429-x86_64.iso и wl.ko,
аналогично: точки видны, при попытке ткнуться "сбой при подключении к сети"
(сразу и без запроса пароля).

NetworkManager-applet-gtk-1.2.2-alt2 -> sisyphus:

* Fri May 27 2016 Mikhail Efremov <sem@altlinux> 1.2.2-alt2
- Fix libnma-devel requires.
- Fix work without gnome-keyring (closes: #32123).
- Fix wired 802-1x secrets saving.

(In reply to comment #5)
> NetworkManager-applet-gtk-1.2.2-alt2 -> sisyphus:
> 
> * Fri May 27 2016 Mikhail Efremov <sem@altlinux> 1.2.2-alt2
> - Fix libnma-devel requires.
> - Fix work without gnome-keyring (closes: #32123).
> - Fix wired 802-1x secrets saving.

Проблема не решена. Соединение создаётся только для текущего пользователя, не смотря на то, что выбрано создавать для всех. Это конечно лучше, чем ничего, но и не решение проблемы.

(В ответ на комментарий №6)
> Проблема не решена. Соединение создаётся только для текущего пользователя, не
> смотря на то, что выбрано создавать для всех. Это конечно лучше, чем ничего, но
> и не решение проблемы.

Где выбрано? Там не возможности это выбрать, только где хранить пароль.

* Connecting to a wireless network from the NetworkManager applet no longer
    results in an attempt to create system-wide connections.  This fixes the
    ability to connect to a wireless network for non-privileged user

(In reply to comment #7)
> (В ответ на комментарий №6)
> > Проблема не решена. Соединение создаётся только для текущего пользователя, не
> > смотря на то, что выбрано создавать для всех. Это конечно лучше, чем ничего, но
> > и не решение проблемы.
> 
> Где выбрано? Там не возможности это выбрать, только где хранить пароль.
> 
> * Connecting to a wireless network from the NetworkManager applet no longer
>     results in an attempt to create system-wide connections.  This fixes the
>     ability to connect to a wireless network for non-privileged user

А как тогда понимать: Store the password for all user ? Куда пароль сохраняется в этом случае? Разве этот вариант соединения не равносилен системному соединению для всех пользователей, как раньше? Я то считал, что выбирая этот пункт с меня должны спросить пароль polkit-agent'ом после чего соединение должно создаться для всех пользователей.

И ещё спрошу не по теме. Очень не нравится, что тайм-аут соединения с wi-fi при создании соединения наступает слишком быстро. Пока пароль введёшь, соединение разорваться по тайм-ауту успевает. Это как-то можно отрегулировать, или вообще от wi-fi роутера зависит?

(В ответ на комментарий №8)
> А как тогда понимать: Store the password for all user ? Куда пароль сохраняется
> в этом случае? Разве этот вариант соединения не равносилен системному
> соединению для всех пользователей, как раньше? Я то считал, что выбирая этот
> пункт с меня должны спросить пароль polkit-agent'ом после чего соединение
> должно создаться для всех пользователей.

Нет, это именно куда сохранить пароль, к области видимости соединения (system-wide/user-only) это отношения не имеет. Во втором случае фраза действительно несколько вводит в заблуждение, т.к. соединение будет видно только одному пользователю (хотя в его конфиге можно перечислить несколько пользователей, AFAIR, но nm-applet так не умеет). На самом деле этот вариант означает, что пароль будет сохранен в конфиг-файле соединения, а не в персональном keyring пользователя.

> И ещё спрошу не по теме. Очень не нравится, что тайм-аут соединения с wi-fi при
> создании соединения наступает слишком быстро. Пока пароль введёшь, соединение
> разорваться по тайм-ауту успевает. Это как-то можно отрегулировать, или вообще
> от wi-fi роутера зависит?

Точно не помню, но сомневаюсь, скорее всего это таймаут самого wpa_supplicant. Но всегда можно открыть редактор соединения и создать там соединение без всякой спешки и с нужными опциями.

Раз так и должно быть, закрываю багу. Спасибо!