На Sisyphus.

Дефолтная запись в grub и не должна меняться -- она ссылается на симлинки
/boot/vmlinuz и /boot/initrd.img, которые уже переключаются скриптом installkernel (в т.ч. при установке пакетов kernel-image-*).

Если при предыдущей загрузке выбрана запись не по умолчанию -- grub её запомнит и будет использовать для дальнейших загрузок при отсутствии особых указаний;
см. тж. http://altlinux.org/grub

Иными словами, в чём именно проблема и как её воспроизвести?

На тестовой машине воспроизвести не удалось.

Запись по умолчанию - ALT 8.0 Workstation
Она смотрит не на симлинки  vmlinuz-<kver>, initrd-<kver>.img, хотя действительно раньше смотрела на симлинки, а произошло это после grub-mkconfig.

(В ответ на комментарий №4)
> произошло это после grub-mkconfig
А его дёргали после чего и для чего, если не секрет?  Насколько помню, он берёт в т.ч. /etc/sysconfig/grub2 и генерирует /boot/grub/grub.cfg (или что скажут).
Соответственно без дополнительного прикладства _так_ картинку не сдвинет.

Да, это я поспешил. 
>А его дёргали после чего и для чего, если не секрет?
Делаю образ и сетевую установку, конфиг генерится из chroot. 

# Find size of disk
v_disk=$(parted -s /dev/${dstdsk} print|awk '/^Disk/ {print $3}'|sed 's/[Mm][Bb]//')

# Create  partitions
parted -s /dev/${dstdsk} mkpart grub 0 2
parted -s /dev/${dstdsk} mkpart swap 2 2097MB
parted -s /dev/${dstdsk} mkpart root 2097MB 23.6GB
parted -s /dev/${dstdsk} mkpart home 23.6GB ${v_disk}
parted -s /dev/${dstdsk} set 1 bios_grub on

sleep 2
# Format the partition
mkswap /dev/${dstdsk}2
sleep 2
mkfs.ext4 /dev/${dstdsk}3 -F
sleep 2
mkfs.ext4 /dev/${dstdsk}4 -F
sleep 2
mkdir /mnt/home
mkdir /mnt/root
mount /dev/${dstdsk}3 /mnt/root
mount /dev/${dstdsk}4 /mnt/home
rsync -aqHAhPx $aroot /mnt/root
rsync -aqHAhPx $ahome /mnt/home
sed -i -e "s|/dev/sda|/dev/${dstdsk}|g" /mnt/root/etc/fstab
mount --bind /proc /mnt/root/proc
mount --bind /dev /mnt/root/dev
mount --bind /sys /mnt/root/sys
chroot /mnt/root/ /bin/bash -c "make-initrd -k 4.4.16-std-def-alt0.M80P.1"
chroot /mnt/root/ /bin/bash -c "grub-mkconfig -o /boot/grub/grub.cfg"
chroot /mnt/root/ /bin/bash -c "grub-install /dev/${dstdsk}"

проблема была в неправильном GRUB_AUTOUPDATE_DEVICE, исправил

Вот и я думаю -- что-то не то :-)

(хотя если эта строчка была не рукописной, а имени инсталятора -- вешайте новый баг на alterator-grub и рассказывайте, как воспроизвести)

(В ответ на комментарий №6)
> Делаю образ и сетевую установку, конфиг генерится из chroot. 
А, торможу -- какой там инсталятор.  Разве если делали по
http://altlinux.org/netboot либо http://altlinux.org/netinst
(но и там уже не alterator-grub, насколько помню).