Я так понял, что проблема возникает с подключением сетевых принтеров.
Давайте уточним как вы определяете, что сервисы не запущены и как это выглядит в виде юзкейса для проверки.

Пока я проверю как это выглядит со стороны изменений в коде новой версии Samba.

Когда самба стартует нормально (до обновления до 4.5.0):

[2016/10/07 23:53:00.809565,  0] ../source4/smbd/server.c:373(binary_smbd_main)
  samba version 4.4.5 started.
  Copyright Andrew Tridgell and the Samba Team 1992-2016
[2016/10/07 23:53:01.107104,  0] ../source4/smbd/server.c:485(binary_smbd_main)
  samba: using 'standard' process model
[2016/10/07 23:53:01.122033,  0] ../lib/util/become_daemon.c:124(daemon_ready)

Это уже после обновления, попытка старта:

[2016/10/08 00:16:40.000230,  0] ../source4/smbd/server.c:372(binary_smbd_main)
  samba version 4.5.0 started.
  Copyright Andrew Tridgell and the Samba Team 1992-2016
[2016/10/08 00:16:40.139609,  0] ../source4/smbd/server.c:479(binary_smbd_main)
  samba: using 'standard' process model
[2016/10/08 00:16:40.141857,  0] ../source4/rpc_server/dcerpc_server.c:1672(dcesrv_init_context)
  dcesrv_init_context: failed to find endpoint server = 'spoolss'
[2016/10/08 00:16:40.141908,  0] ../source4/smbd/service_task.c:35(task_server_terminate)
  task_server_terminate: [Failed to startup dcerpc server task]
[2016/10/08 00:16:40.142910,  0] ../source4/smbd/server.c:211(samba_terminate)
  samba_terminate of 10523: Failed to startup dcerpc server task
[2016/10/08 00:16:40.165347,  0] ../lib/util/become_daemon.c:124(daemon_ready)
  STATUS=daemon 'samba' finished starting up and ready to serve connections

Ключевая строчка:
[2016/10/08 00:16:40.141857,  0] ../source4/rpc_server/dcerpc_server.c:1672(dcesrv_init_context)
  dcesrv_init_context: failed to find endpoint server = 'spoolss'

Ну и так как  [Failed to startup dcerpc server task] - все службы которые завязаны на dcerpc - не работают.

[2016/10/08 09:49:58.495794,  0] ../source4/smbd/server.c:372(binary_smbd_main)
  samba version 4.5.0 started.
  Copyright Andrew Tridgell and the Samba Team 1992-2016
[2016/10/08 09:49:58.757397,  0] ../source4/smbd/server.c:479(binary_smbd_main)
  samba: using 'standard' process model
[2016/10/08 09:49:58.788879,  0] ../lib/util/become_daemon.c:124(daemon_ready)
  STATUS=daemon 'samba' finished starting up and ready to serve connections
[2016/10/08 09:49:58.839876,  0] ../source4/rpc_server/dcerpc_server.c:1672(dcesrv_init_context)
  dcesrv_init_context: failed to find endpoint server = 'winreg'
[2016/10/08 09:49:58.840011,  0] ../source4/smbd/service_task.c:35(task_server_terminate)
  task_server_terminate: [Failed to startup dcerpc server task]
[2016/10/08 09:49:58.854195,  0] ../source4/smbd/server.c:211(samba_terminate)
  samba_terminate of 13491: Failed to startup dcerpc server task

Если убрать spoolss из конфига то дальше ругается на wireg

[2016/10/08 09:50:42.414070,  0] ../source4/smbd/server.c:372(binary_smbd_main)
  samba version 4.5.0 started.
  Copyright Andrew Tridgell and the Samba Team 1992-2016
[2016/10/08 09:50:42.588236,  0] ../source4/smbd/server.c:479(binary_smbd_main)
  samba: using 'standard' process model
[2016/10/08 09:50:42.590800,  0] ../source4/rpc_server/dcerpc_server.c:1672(dcesrv_init_context)
  dcesrv_init_context: failed to find endpoint server = 'srvsvc'
[2016/10/08 09:50:42.590869,  0] ../source4/smbd/service_task.c:35(task_server_terminate)
  task_server_terminate: [Failed to startup dcerpc server task]
[2016/10/08 09:50:42.591926,  0] ../source4/smbd/server.c:211(samba_terminate)
  samba_terminate of 13595: Failed to startup dcerpc server task
[2016/10/08 09:50:42.618582,  0] ../lib/util/become_daemon.c:124(daemon_ready)
  STATUS=daemon 'samba' finished starting up and ready to serve connections

Если убрать winreg, то будет ругаться на srvsvc

Ну а если и srvsvc убрать, то все хорошо

[2016/10/08 09:51:05.586470,  0] ../source4/smbd/server.c:372(binary_smbd_main)
  samba version 4.5.0 started.
  Copyright Andrew Tridgell and the Samba Team 1992-2016
[2016/10/08 09:51:05.762318,  0] ../source4/smbd/server.c:479(binary_smbd_main)
  samba: using 'standard' process model
[2016/10/08 09:51:05.787789,  0] ../lib/util/become_daemon.c:124(daemon_ready)
  STATUS=daemon 'samba' finished starting up and ready to serve connections

Вот как-то так

В общем, я разобрался  в причинах проблемы. Дело в том, что в новой Samba отключен устаревший ntvfs, от которого зависят эти сервисы.
Вопрос. Они нужны? Для печати, например?

Если да, то я проверю, отпишусь и сделаю новую сборку. У меня там макрос предусмотрен.

(В ответ на комментарий №4)
> В общем, я разобрался  в причинах проблемы. Дело в том, что в новой Samba
> отключен устаревший ntvfs, от которого зависят эти сервисы.
> Вопрос. Они нужны? Для печати, например?

Предлагаю этот вопрос задать в devel@ и samba@, возможно в sisyphus@. Если на выходных не поступит возражений/предложений, то мейнтейнер решает сам в понедельник.

> 
> Если да, то я проверю, отпишусь и сделаю новую сборку. У меня там макрос
> предусмотрен.

Спасибо.

Если без этих сервисов не работает печать, то конечно нужны.

Тут два момента. Я не уверен, что не работает. Там ряд устаревших протоколов.

Ну, и тут речь идет о контроллере домена, а не о файловом менеджере, который шарит принтеры.

Вопрос такой. Это просто логи не красивые со старыми конфигами или тут реальная проблема на практике?

Ну, может вообще не в принтерах дело. Нужно понять - имеется ли не рабочий юзкейс? Актуален вопрос для samba, а не для samba-DC?

Я уточню подробности о поддержке устаревших протоколов.

Вопрос был больше теоретический.
С исключёнными из конфига тремя службами (spoolss
winreg и srvsvc) все запускается и работает нормально, авторизация на машинах в домене (Windows 2008 R2) работает без проблем. Файловая служба самбы тоже работает.
Самба используется как samba-DC + файловая служба, службу принтеров не используем. Поэтому и проверить что с принтерами нет проблем не сможем.
Без исключения трех служб не стартует dcerpc и соответственно не работает вход  на машинах Windows которые в домене (ругань на недоступный РПЦ сервер).

Я попытался детально разобрать проблему. У меня нет окончательной уверенности в том, что в наших решениях нужно обязательно выпилить использование старых протоколов ntvfs. Но я отталкиваюсь от того, что от них отказываются разработчики в пользу s3fs. Чем меньше устаревшей кодовой базы идёт в продакшн, тем лучше. Особенно, если она не используется.

Подробности и детали на этот счёт предлагаю обсудить в рассылке:
https://lists.altlinux.org/pipermail/devel/2016-October/201912.html

Кроме того, стоит учесть, что вариант сборки с опцией --without-ad-dc, со старой кодовой базой, у нас имеется в пакете samba.

  --without-ad-dc - disable AD DC functionality (enables Samba 4 client and Samba 3 code base).
  --with-ntvfs-fileserver - enable the depricated NTVFS file server from the original Samba4 branch (default if --enable-selftest specicifed).  Conflicts with --with-system-mitkrb5 and --without-ad-dc
  --without-ntvfs-fileserver - disable the depricated NTVFS file server from the original Samba4 branch