В пакете netdata идут плагины на bash (charts.d/*). 
Но сама система запуска рассчитывает на bash4.

В частности скрипт /usr/lib/netdata/plugins.d/charts.d.plugin 
запускаеющий плагины, содержит проверку на запуск при помощи bash4.

В самом скрипте запуск идёт стандартно с заголовком
#!/usr/bin/env bash

Т.к. у нас в системе по умолчанию не bash4, то в итоге плагины не работают.
Как "объезд" предлагаю при упаковке менять заголовок на
#!/usr/bin/env bash4
А также поставить зависимость на bash4.

Либо упаковывать charts.d отдельным пакетом с зависимостью на bash4.

P.S. Возможно стоит так же отдельно паковать python.d/плагины и node.d/плагины