Итак нашел не большой баг(похоже на отсутствие нормальной mime привязки приложений, что исправлено в версии 0.11) -  если в chromium щелкнуть в загрузках "Показать в папке", то вместо pcmanfm-qt открывается firefox.
Решение:
1) в файле /usr/share/applications/pcmanfm-qt.desktop удаляем параметр x-directory/normal
2) в файле /usr/share/applications/mimeinfo.cache удаляем такой же параметр
3) в файле HOME/.local/share/applications/mimeapps.list добавить inode/directory=pcmanfm-qt.desktop
4) от рута делаем:
update-desktop-database
5) от пользователя делаем:
update-desktop-database $HOME/.local/share/applications

Тестируем:
bash -x /usr/bin/xdg-open <foldername>

Если не работает, то делаем еще один "грязный хак":
В файле /usr/share/applications/mimeapps.list ищем строчки с kde4-dolphin.desktop(kde-dolphin.desktop) и проверяем есть ли в этой строке pcmanfm-qt.desktop, если нет, то через точку с запятой добавляем.
И опять от рута делаем:
update-desktop-database

У меня после вот этих телодвижений все заработало. На зарубежных форумах пишут, что еще можно скопировать pcmanfm-qt.desktop в HOME/.local/share/applications/, но я этого не делал.