Воспроизводится ли еще отсутствие ссылки на Atom? Если да, то можете запостить исходный код страницы в этом месте?

Что касается страницы Virtualbox - использование блока <pre> (начало строки с пробела) в блоке <code> (не влияющем на разметку, в отличие от того же <pre>) ни к чему иному приводить и не должно. Также, блок <code> предназначен для инлайна, корректнее здесь использовать <source>, как дальше по тексту.

(В ответ на комментарий №1)
> Воспроизводится ли еще отсутствие ссылки на Atom? Если да, то можете запостить
> исходный код страницы в этом месте?
> 
Прошу прощения, не заметил, как ublock порезал эту ссылку (хотя в предыдущей версии движка все было на месте). Если блокировщик отключить, то все хорошо.

> Что касается страницы Virtualbox - использование блока <pre> (начало строки с
> пробела) в блоке <code> (не влияющем на разметку, в отличие от того же <pre>)
> ни к чему иному приводить и не должно. Также, блок <code> предназначен для
> инлайна, корректнее здесь использовать <source>, как дальше по тексту.
>
Хорошо бы это донести до авторов страницы как-либо, лично я к ним не отношусь. Просто высказал те замечания, что увидел.

По сути ошибку можно закрывать.

Закрываю.