Смутно припоминается, что где-то используется при сборке образов, но нагрепать в своих ~/git ничего не удалось.  m-p (фича dos) применяет make-freedos-floppy, которое не пользуется ms-sys.

Готово.

(В ответ на комментарий №1)
> Смутно припоминается, что где-то используется при сборке образов

Раньше ms-sys применялся в инсталлере, но кажется вы это место уже переписали.
На всякий случай обновил ms-sys.