А binfmt точно настроен?  См. тж. пакет livecd-qemu-arch и m-p::doc/qemu.txt

Created attachment 7434 [details]
Конфиг для /lib/binfmt.d устраняющий проблему

Это настройка binfmt. Главу 15 документа http://nightly.altlinux.org/docs/mkimage-profiles.pdf пропустил из-за явного указания на arm, а у меня aarch64. Наверное, стоит уточнить или дополнить.
Признаю что проблема не в mkimage, а в его окружении.

Перевешиваю на mkimage-preinstall и понижаю важность до enhancement. Во вложении конфиг, устраняющий описанную проблему. Возможно стоит дополнить mkimage-preinstall для сборки под неродные архитектуры, а может и нет. Или просто задокументируем и довольно.

Не уверен, что mkimage-preinstall тут при чём -- сейчас этим занимается пакет livecd-qemu-arch, вот только он заодно и sources.list трогает; можно разделить его, сейчас для aarch64 там так:

:qemu-aarch64:M::\x7fELF\x02\x01\x01\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x02\x00\xb7:\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xfe\xff\xff:/.host/qemu-aarch64:

Предлагается же

:aarch64:M::\x7f\x45\x4c\x46\x02\x01\x01\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x02\x00\xb7\x00:\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\x00\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xfe\xff\xff\xff:/usr/bin/qemu-aarch64.static:F

Я не настолько хорошо помню взаимодействие mkimage/hasher с qemu, чтобы сходу сообразить, что именно нам стоит предпринять.

Пока хотя бы сослался на эту багу в m-p::doc/qemu.txt.

(In reply to comment #4)
> Не уверен, что mkimage-preinstall тут при чём -- сейчас этим занимается пакет
> livecd-qemu-arch, вот только он заодно и sources.list трогает; можно разделить
> его, сейчас для aarch64 там так:
> 
> :qemu-aarch64:M::\x7fELF\x02\x01\x01\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x02\x00\xb7:\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xfe\xff\xff:/.host/qemu-aarch64:
> 
> Предлагается же
> 
> :aarch64:M::\x7f\x45\x4c\x46\x02\x01\x01\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x02\x00\xb7\x00:\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\x00\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xfe\xff\xff\xff:/usr/bin/qemu-aarch64.static:F
> 
> Я не настолько хорошо помню взаимодействие mkimage/hasher с qemu, чтобы сходу
> сообразить, что именно нам стоит предпринять.

Добавлю свои пять копеек. Подтверждаю что ситуацию исправляет приведение маски в /usr/bin/register-qemu-aarch64 к следующему виду:

echo ":aarch64:M::\x7fELF\x02\x01\x01\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x02\x00\xb7:\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\x00\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xfe\xff\xff:/.host/qemu-aarch64:" > /proc/sys/fs/binfmt_misc/register

Спасибо, отправил 0.3-alt1, просьба проверить:
http://webery.altlinux.org/task/209521

livecd-qemu-arch-0.3-alt1 -> sisyphus:

Thu Jul 05 2018 Michael Shigorin <mike@altlinux> 0.3-alt1
- fixed aarch64 support (closes: #34638); thx zorg@ for the patch
- replaced arm with armh (thx aen@ for updated repo url)
- added wiki links

(In reply to comment #7)
> Спасибо, отправил 0.3-alt1, просьба проверить:
> http://webery.altlinux.org/task/209521

Спасибо, проверил, работает.

Вот и славно.  Вообще могли сразу заливать NMU, если есть патч -- я не против
(см. ACL пакета).