У меня под пользователем с самой первой команды

ошибка: Во время получения runtime/org.freedesktop.Platform/x86_64/1.6 из удалённого репозитория flathub: Writing object 537ad485b3289e3ccfa71d41e40a684636ba9abd5531b4c9b0f8c3669f94b158.file: fsetxattr(user.ostreemeta): Неподдерживаемая операция

а через sudo
всё поставилось и запустилось.

flatpak-0.9.7-alt0.M80P.1
bubblewrap-0.1.8-alt0.M80P.1

На Сизифе при запуске от пользователя (bubblewrap-0.2.1, flatpak-0.11.8) диагностика та же (bwrap: execvp <любое приложения>: No such file or directory), независимо от того, ставлю ли я его --user или системно. При запуске от рута системно установленные приложения запускаются, но не надо же от рута.

Интересная ситуация, из под пользователя запустить приложение можно толь в формате flatpak run --command=/app/bin/appname org.*.*.appname. Так же можно запустить /bin/bash и от туда /app/bin/appname. При этом под root прекрасно запускается в формате flatpak run org.*.*.appname.

Никаких махинаций с переменными окружения при опакечивании не было?
Можно ещё попробовать обновить пакет - в апстриме уже 1.5.0

Некоторые запускаются, а некоторые нет.

pycharm вообще никак не запускается.

(В ответ на комментарий №3)
> Можно ещё попробовать обновить пакет - в апстриме уже 1.5.0

Отдам ostree+flatpack+flatpak-builder в умелые руки.

(В ответ на комментарий №5)
> Отдам ostree+flatpack+flatpak-builder
Попробуем.

после того, как я локально собрал glibc с отключенной фичей по сбросу PATH для suid приложений в execvpe - запуск pycharm из flatpack заработал.

bwrap: execvp zoom: No such file or directory

Ужас! Уйда нафиг на manjaro или ubuntu

Пофиксено в #38163
p9 -- http://webery.altlinux.org/task/251993