(В ответ на комментарий №0)
...> 2018-05-28T13:49:24.966790Z 0 [ERROR] Fatal error: Please read "Security"
> section of the manual to find out how to run mysqld as root!
Эта проблема решилась
# mv /etc/my.cnf.rpmnew /etc/my.cnf
 
 
> Ну про [] это там пробел пропущен:
> + '[' '!' -d '/var/lib/mysql/db/mysql]'
> /etc/init.d/mysqld: line 36: [: missing `]'
Эта остаётся

Далее запуск всё равно проваливается
# tail /var/lib/mysql/log/mysqld.log

2018-05-28T14:10:07.857727Z 0 [Warning] Gtid table is not ready to be used. Table 'mysql.gtid_executed' cannot be opened.
2018-05-28T14:10:07.857806Z 0 [ERROR] /usr/sbin/mysqld: Can't create/write to file '/var/lib/mysql/mysqld.pid' (Errcode: 2 - No such file or directory)
2018-05-28T14:10:07.857818Z 0 [ERROR] Can't start server: can't create PID file: No such file or directory

(В ответ на комментарий №1)
...

> 2018-05-28T14:10:07.857806Z 0 [ERROR] /usr/sbin/mysqld: Can't create/write to
> file '/var/lib/mysql/mysqld.pid' (Errcode: 2 - No such file or directory)
> 2018-05-28T14:10:07.857818Z 0 [ERROR] Can't start server: can't create PID
> file: No such file or directory
После создания симлинка
# ls /var/lib/mysql/var/lib/mysql  -l
lrwxrwxrwx 1 root root 15 мая 28 17:20 /var/lib/mysql/var/lib/mysql -> /var/lib/mysql/

получил ошибку
2018-05-28T14:20:56.019329Z 0 [ERROR] /usr/sbin/mysqld: Can't create/write to file '/var/lib/mysql/mysqld.pid' (Errcode: 40 - Too many levels of symbolic links)
2018-05-28T14:20:56.019341Z 0 [ERROR] Can't start server: can't create PID file: Too many levels of symbolic links

Уж явно путаница в чруте.

mysql_upgrade нужно запустить. Смотри обновление пакета mysql в Sisyphus

Вообще странно у тебя как-то отвалилось, у меня такого не наблюдается.
Системы правда на systemd.

исправлено в 5.7.27-alt5