В Сизифе уже apt-0.5.15cnc5-alt1 

Промахнулся хостом (xterm'ом) -- вот тот, что в сизифе, как раз и broken.
apt-0.5.15cnc5-alt1.

Неужто никто не попытался его использовать?

# apt-get update
E: The method driver /usr/lib/apt/file could not be found.

# rpm -V apt-0.5.15cnc5-alt1 libapt-0.5.15cnc5-alt1
S.5....T c /etc/apt/apt.conf

(для насущных нужд пока натыкал туда симлинков, но это как бы слегка не дело, так?)

У меня работает, проверял в пятницу и субботу на нескольких машинах методы file и 
ftp. 

*** This bug has been marked as a duplicate of 3514 ***

Гм.  Тогда все равно не понял, почему при миграции не был изменен apt.conf, если
достоверно известно, что без этого он сломается?..  

Понятно, что *.rpmnew, но если при его создании практически всем, у кого он
создастся, потребуется делать замену руками -- почему бы и не заскриптовать.

Мне не пришло в голову, что у кого-то в apt.conf есть такая конструкция. 

Какой-то из старых apt-conf'ов, видно, нес.  apt-0.3.x?