В стартовом скрипте /etc/rc.d/init.d/multipathd определена переменная PIDFILE как /var/run/multipathd.pid. при этом сам multipathd создает свой pid-файл по пути /run/multipathd.pid (что наверное правильно, так как /var вполне может быть на multipath-устройстве). Запуск multipathd выполняется с опцией --make-pidfile, которая создает pid-файл с PID не фонового, а родительского процесса multipathd. Из-за этого все команды, кроме start отрабатывают неправильно. Решение - убрать опцию --make-pidfile при запуске и изменить переменную PIDFILE на /run/multipathd.pid. Патч приложен.