С последней версией make-initrd-propagator 0.41-alt2 перестали собираться iso:

Adding propagator ...
initrd-cp: error: /sbin/mount.aufs: No such file or directory
make: *** [/usr/share/make-initrd/features/propagator/rules.mk:3: propagator] Error 1

Причина, как я полагаю, в том, что /sbin/mount.aufs всё ещё значится в списке PROPAGATOR_FILES:
cat /usr/share/make-initrd/features/propagator/config.mk 
PROPAGATOR_FILES = \
	/usr/share/terminfo/l/linux \
	/bin/head \
	/bin/grep \
	/bin/openvt \
	/sbin/mount.aufs \
	/sbin/mount.nfs \
	/sbin/chroot \
	/sbin/mke2fs\
	/bin/readlink \
	/sbin/fdisk \
	/bin/basename \
	/bin/cut \
	/bin/mountpoint \
	/bin/netstat \
	/bin/ps \
	/bin/rmdir \
	/bin/sort \
	/bin/tail \
	/usr/bin/find \
	/usr/bin/seq \
	/bin/wc \
	/sbin/addpart \
	/usr/bin/time \
	/sbin/e2label

PROPAGATOR_FILES_OVERWRITE = \
	/bin/sed

PROPAGATOR_FILES_NET = \
	/lib/udev/rules.d/*-net-name-slot.rules \
	/lib/udev/rules.d/*-net-description.rules \

PROPAGATOR_BIN = /usr/sbin/propagator

PROPAGATOR_DATADIR = $(FEATURESDIR)/propagator/data

Предлагаю убрать.