Выглядит в логе это так:
MI2c: mark alterator-datetime
MI2c:  target ntp-server
MI2c:   mark systemd-timesyncd
MI2c:    target libnss-systemd
MI2c:     mark libnss-systemd
MI2c:      target systemd
MI2c:       mark systemd
MI2c:        target agetty
MI2c:         mark agetty
MI2c:          target login
MI2c:           mark login
MI2c:        target acl
MI2c:         mark acl
MI2c:        target libnss-myhostname
MI2c:         mark libnss-myhostname
MI2c:        target systemd-services
MI2c:         mark systemd-services
MI2c:          target pam_systemd
MI2c:           mark pam_systemd
MI2c:            target dbus
MI2c:             mark dbus
MI2c:              target dbus-tools
MI2c:               mark dbus-tools
MI2c:    target systemd-networkd
MI2c:     mark systemd-networkd
MI2c:      target libgnutls.so.30()(64bit)
MI2c:       mark libgnutls30
MI2c:        target libhogweed.so.4()(64bit)
MI2c:         mark libhogweed4
MI2c:          target libnettle6
MI2c:           mark libnettle6

Эээ... может, просто не тащить его в vm/*?
А если попадёт, то разница в нашем любимом "кто попадёт первым [по раскрытию виртуальной зависимости], а кого мы потом попытаемся втащить сами"?

(In reply to comment #2)
> Эээ... может, просто не тащить его в vm/*?

Не тащить alterator-datetime?

vm/* это теперь ещё и образы rootfs под arm* и mipsel, that use/oem -> altearator-setup.

Не тащить systemd-timesyncd? Так его никто и не тащит, we use/ntp/chrony.

> А если попадёт, то разница в нашем любимом "кто попадёт первым [по раскрытию
> виртуальной зависимости], а кого мы потом попытаемся втащить сами"?

Причём сейчас попадают оба -- в системе оказываются systemd-timesyncd и chrony.

Причина оказалась в том, что в mkimage-profiles pkgpriorities был сделан только для stage2, а rootfs был за бортом.